| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 164 (0.810) | 13 (0.070) | 8/140 | NT | 7.6% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 174 (0.980) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2021372‑2021552 | tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga > 2:2224720‑M1/82‑91 (MQ=255)tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga < 1:2908215‑M1/10‑1 (MQ=255)cTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA > 1:3627493‑M1/1‑91 (MQ=255)cTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA > 1:2703776‑M1/1‑91 (MQ=255) ccGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCa < 1:265488/91‑1 (MQ=255) gAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACt < 2:3623329/91‑1 (MQ=255) gAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACt < 1:1652770/91‑1 (MQ=255) aaTATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACtt < 2:1956199/91‑1 (MQ=255) aaTATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACtt < 2:86890/91‑1 (MQ=255) atatGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACttt > 1:92262/1‑91 (MQ=255) tGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATc < 2:2337145/91‑1 (MQ=255) ggATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCg > 1:1805664/1‑91 (MQ=255) ggATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCg > 2:3558600/1‑91 (MQ=255) gATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGa < 2:2454967/91‑1 (MQ=255) ttttAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATa > 1:3374517/1‑91 (MQ=255) tAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtg < 1:1280126‑M1/91‑19 (MQ=255) aaaGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAagta > 2:231672/1‑91 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 2:630676‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGA‑AAGTAGtc > 2:2739300‑M2/1‑89 (MQ=255) ttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCg > 1:783270‑M1/56‑91 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 1:1492847‑M1/91‑27 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg < 2:2802035‑M2/91‑7 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg < 2:3587545‑M2/91‑7 (MQ=255) taagtatagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcagtaaaaTATGCGGAGAAGCAGTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 2:2559341‑M1/55‑91 (MQ=255) taagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 2:1631038‑M1/55‑91 (MQ=255) taagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 1:2251156‑M1/55‑91 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc > 2:1332545‑M2/1‑84 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca < 2:782074‑M2/91‑9 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca < 2:583809‑M2/91‑9 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATGATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca > 2:3686144‑M2/1‑83 (MQ=255) aagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaacTATGCGGAGAAGCACTTTAGCGATAAGTAGTCTCCGCa > 1:578527‑M1/54‑91 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat > 2:3833025/1‑91 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat > 2:1179837/1‑91 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt < 1:1822415/91‑1 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 2:1734377/1‑91 (MQ=255) tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa < 1:3359031/91‑1 (MQ=255) atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt > 1:2317899/1‑91 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:1047919/91‑1 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:2676546/91‑1 (MQ=255) cacaAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCt < 1:1143256/91‑1 (MQ=255) cacaAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCt < 2:1106407/91‑1 (MQ=255) caaacaaCCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtat > 2:2935976/1‑91 (MQ=255) aacaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatta < 1:284476/91‑1 (MQ=255) acaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtattat < 2:1757893/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 2:201665/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 2:3916370/91‑1 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTGCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 1:3686150/1‑91 (MQ=255) cacaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaat > 1:2465314/1‑91 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata < 1:2124478/91‑1 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa < 2:3224969/91‑1 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc < 1:2789391/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat > 2:3319101/1‑91 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 2:3729425/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:3569675/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 2:1675087/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt > 2:1834071/1‑91 (MQ=255) aaTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatta < 1:456983/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatta < 2:2556238/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaattaa < 1:131210/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaattaat < 1:1009761/91‑1 (MQ=255) aaaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATGAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTg < 2:3122817/91‑1 (MQ=255) aaaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTg > 1:2749998/1‑91 (MQ=255) 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gCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctca > 1:2021862‑M1/1‑7 (MQ=255) gCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctca > 1:1936823‑M1/1‑7 (MQ=255) GCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTa > 1:2582337‑M1/1‑91 (MQ=255) cGGAGActacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcat > 1:720831‑M1/1‑6 (MQ=255) CGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaa > 1:3925499‑M1/1‑91 (MQ=255) gagactacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcatta > 2:2156583‑M1/1‑4 (MQ=255) gagaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgccgctcatta < 1:1232399‑M2/91‑68 (MQ=255) GAGAAGCTCTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaat > 1:1957309‑M1/1‑91 (MQ=255) agactacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattat < 2:447998‑M1/91‑89 (MQ=255) agactacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattat < 1:1108265‑M1/91‑89 (MQ=255) gactactttcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatct > 2:2739264‑M1/1‑2 (MQ=255) gaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataactaacagtttttaaaattgtataattcgaggttgtttgtgcatatgacgctcattatc < 1:3162071‑M2/91‑70 (MQ=255) actacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatct < 2:2086998‑M1/91‑91 (MQ=255) actacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatct < 1:362220‑M1/91‑91 (MQ=255) | CTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2021372‑2021552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |