| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082639 = | 204 (1.000) | 29 (0.150) | 12/148 | NT | 12.8% | intergenic (+280/+44) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082667 = | 207 (1.100) | intergenic (+308/+16) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
AGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082734‑2082639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT > USA300TCH1516_ALE/2082667‑2082756 AGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGT > 2:673693/1‑91AGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGT > 1:1636025/1‑91 GTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTG > 1:525720/1‑91 GTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTG > 1:3632275/1‑91 TATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGC < 2:824947/91‑1 ATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCC < 2:2364435/91‑1 ATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCC < 2:2105012/91‑1 ATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCC < 2:1211261/91‑1 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 1:1754614/1‑91 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 1:2169809/1‑91 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 2:1903440/1‑91 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 1:2799864/1‑91 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 1:1425475/91‑1 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 2:2947050/1‑91 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAACCGTGGGGTGCCT < 1:3041080/91‑1 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCGTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 2:3249547/91‑1 TTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT < 2:227881/91‑1 TTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT > 2:3613470/1‑91 TTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTT < 1:1980643/91‑1 TTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTT < 2:1440900/91‑1 GCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTAT < 1:1615465/91‑1 ACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAA > 2:1115584/1‑91 ACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAA < 1:2808714/91‑1 TAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTA > 2:722228/1‑91 AAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAATGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > 2:1773920/1‑91 AAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > 2:3692726/1‑91 AAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > 2:540515/1‑91 AAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTCGCTTTAA > 1:1980407/1‑91 CATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATAC > 2:3369919/1‑91 CATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATAC > 2:3369871/1‑91 ATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACT > 2:1531423/1‑91 CACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTT > 2:2363018/1‑91 ACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTC > 2:3897654/1‑91 ACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAACGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTC > 2:3683051/1‑91 ACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGCTCAATATCTACCTGTTTCATGTCAGTTGCTTTCAATACTCTTTC > 2:1266328/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATCTCTACCTTTTTAATGTCAGTAGCTTTAAATACTCTTCCA > 1:2981204/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 2:3412752/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 2:487021/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 1:212271/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 2:2675464/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 1:2924356/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 2:1684982/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 2:1683401/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 1:2925679/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 2:551403/1‑91 AATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCAT > 2:982723/1‑91 AATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCAT > 1:3767835/1‑91 AATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTATTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCAT > 1:3361009/1‑91 ATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATC > 1:1279966/1‑91 ATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATC > 1:1281147/1‑91 gGCCTTATTATAGAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTGAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 2:3293235/90‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 2:1145165/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:2092169/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:2096671/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 2:850370/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 2:850472/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 2:851014/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 2:1372444/91‑1 GCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCA > 2:2600047/1‑91 GCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCA > 2:2600058/1‑91 caTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAG < 1:418612/89‑1 CCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAG < 1:39632/91‑1 CCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAG < 1:853473/91‑1 CCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAG < 1:1696582/91‑1 CTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGT < 1:2538781/91‑1 CTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGT > 2:567757/1‑91 TTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTT < 1:1177404/91‑1 TTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTT > 2:1905585/1‑91 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT > 1:1235968/1‑91 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT < 2:3818179/91‑1 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT > 1:2570107/1‑91 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT < 2:2946384/91‑1 AGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082734‑2082639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT > USA300TCH1516_ALE/2082667‑2082756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |