New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082639 = | 204 (1.000) | 29 (0.150) | 12/148 | NT | 12.8% | intergenic (+280/+44) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2082667 = | 207 (1.100) | intergenic (+308/+16) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2082549‑2082729 | ttCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACCAACGTaaa > 2:3656538/1‑91 (MQ=255) ttCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTaaa > 1:3923298/1‑91 (MQ=255) ttCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTaaa > 2:51250/1‑91 (MQ=255) aaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataata > 1:1235968‑M1/91‑91 (MQ=255) aaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataata < 2:3818179‑M1/1‑1 (MQ=255) tATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAgg < 1:2418815/91‑1 (MQ=255) ctgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAgg < 1:1696582‑M1/4‑1 (MQ=255) ctgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAgg < 1:39632‑M1/4‑1 (MQ=255) aTCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGc < 1:1570631/91‑1 (MQ=255) gagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 2:850370‑M1/6‑1 (MQ=255) gagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 1:2096671‑M1/6‑1 (MQ=255) aGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCAcc < 1:1630326/91‑1 (MQ=255) gtccgatttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCGCATCTCTACAAAGGTAAAAGGCAccc < 2:750441‑M2/82‑1 (MQ=255) gtccgatttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCAccc < 1:531586‑M2/82‑1 (MQ=255) gatttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACg < 1:1099296‑M2/86‑1 (MQ=255) atttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGa > 2:3857006‑M2/5‑91 (MQ=255) gatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGAt > 1:1281147‑M1/77‑91 (MQ=255) atgaaagagtatttaaagcaactgacattaaataggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGAtt > 1:3361009‑M1/76‑91 (MQ=255) atgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGAtt > 1:3767835‑M1/76‑91 (MQ=255) tggaagagtatttaaagctactgacattaaaaaggtagagattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATtg > 1:2981204‑M1/75‑91 (MQ=255) tgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATtg > 1:2925679‑M1/75‑91 (MQ=255) tATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTg < 2:873837‑M2/90‑1 (MQ=255) ttatAGATCCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACATCAAACATTCGAGCATCACATCTCTACAAAAGTAAAAGGAACCCCACGACtgcg > 2:3672192/1‑89 (MQ=255) aaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATtgtg > 2:2363018‑M1/73‑91 (MQ=255) tataGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTga < 1:300173/91‑1 (MQ=255) taaaGAACCAATTTATATAACTTTTGACAAATCACTTCAAACATGCAAACAACACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTga < 2:2910068/88‑1 (MQ=255) ataGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTgag > 2:249615/1‑91 (MQ=255) aGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATCCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAATAGGCACCCCACGATTGTGAGAt > 2:3000027/1‑91 (MQ=255) gAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATg > 1:904349/1‑91 (MQ=255) gAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATg > 1:102717/1‑91 (MQ=255) gAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGT‑AAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGc < 2:3660006/91‑1 (MQ=255) aaCCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGc < 1:2475585/91‑1 (MQ=255) ccAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCt > 1:3564970/1‑91 (MQ=255) ttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCtt > 2:540515‑M1/64‑91 (MQ=255) ttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCtt > 2:3692726‑M1/64‑91 (MQ=255) tatataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCCAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTtattat < 2:1142058/91‑1 (MQ=255) tatataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTtattat > 1:1187443/1‑91 (MQ=255) atataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAATTGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATtata < 1:2345310/91‑1 (MQ=255) atataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGCTTGTGAGATGCCTTATtata > 2:2867760/1‑91 (MQ=255) ataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATaaa > 2:853738/1‑91 (MQ=255) ataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATaaa > 2:415826/1‑91 (MQ=255) taACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATaaaa > 1:2881082/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAAtt > 1:1308606/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAAtt > 2:2620126/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTa > 1:3078339/1‑91 (MQ=255) tttGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTaaa < 1:842398/91‑1 (MQ=255) ttGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAg < 2:1258345/91‑1 (MQ=255) ggCAAAAAACTTCCAACCATCACGCTTCGCACCGCTACAGAAGTAAAAGGCGCCCAACGATGGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGAt < 2:1705818/91‑1 (MQ=255) cAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGCTTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTa > 2:305151/1‑91 (MQ=255) cAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTa > 1:3205344/1‑91 (MQ=255) cAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTa > 1:994687/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGaa > 2:2598914/1‑91 (MQ=255) aTCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGaa < 1:1988804/91‑1 (MQ=255) tCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAAt < 2:3491929/91‑1 (MQ=255) cACTTCAGGCATTCGAGCGTCACAGGTCTACATATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAAtt < 2:3454337/91‑1 (MQ=255) cACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAAtt < 2:2781009/91‑1 (MQ=255) cACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAAtt < 2:3170340/91‑1 (MQ=255) cTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTa > 2:600847/1‑91 (MQ=255) cTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTa > 2:1677462/1‑91 (MQ=255) ttCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTaa > 1:3145294/1‑91 (MQ=255) ttCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTaa > 1:77862/1‑91 (MQ=255) tCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAg > 1:2199649/1‑91 (MQ=255) cAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGt < 2:2102974/91‑1 (MQ=255) cAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGt > 2:792667/1‑91 (MQ=255) aaaCATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGtt < 2:1188871/91‑1 (MQ=255) aCATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCa > 2:3296902/1‑91 (MQ=255) aTTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAat < 1:1975866/91‑1 (MQ=255) tCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAatat < 2:3744146/91‑1 (MQ=255) tCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAatat > 2:1907778/1‑91 (MQ=255) cAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATc > 1:3291037/1‑91 (MQ=255) cAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGAGTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATGTAAGTTCAATATc < 2:2460925/91‑1 (MQ=255) aaGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCt < 2:3384750/91‑1 (MQ=255) aaGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTGCAATATCt > 1:508894/1‑91 (MQ=255) gCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTAc > 1:3410515/1‑91 (MQ=255) cATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTAcc > 2:726689/1‑91 (MQ=255) aTCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCt < 2:1901263/91‑1 (MQ=255) tCACATCTCTGCAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCtt > 2:323709/1‑91 (MQ=255) tCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACGCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCtt > 1:1370650/1‑91 (MQ=255) tCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCtt > 2:1758416/1‑91 (MQ=255) caTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCttttt < 1:2644489/91‑1 (MQ=255) aTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTa > 2:66029/1‑91 (MQ=255) tctcTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTaa > 2:2685856/1‑91 (MQ=255) tctcTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTaa > 2:3908948/1‑91 (MQ=255) ctctACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAAt > 2:104718/1‑91 (MQ=255) ctctACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAAt < 1:366307/91‑1 (MQ=255) ctctACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAAt > 1:3630077/1‑91 (MQ=255) cttcAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAATATTAAAGTTTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGt < 2:918184/88‑1 (MQ=255) tACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTc < 1:569162/91‑1 (MQ=255) gaCAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGAAGCCTTATTATAAAATTAAAGATGAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTc < 2:458737/90‑1 (MQ=255) aCAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCa < 1:2242431/91‑1 (MQ=255) tttataatAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGt < 1:2808714‑M1/83‑1 (MQ=255) aTGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCTGTTg > 2:1380473/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGc > 1:811101/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGc > 1:1068736/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTAAATGTCAGTTGc < 2:1566968/91‑1 (MQ=255) gTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCt < 1:2547363/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCttt > 2:2656955/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCttt > 2:1130814/1‑91 (MQ=255) aaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTa < 1:1904804/91‑1 (MQ=255) AAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTaa < 2:1440900‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2082549‑2082729 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |