| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090954 | 191 (0.940) | 15 (0.080) | 6/142 | NT | 8.0% | intergenic (‑188/+350) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090971 | 177 (0.980) | intergenic (‑205/+333) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AAAAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2090856‑2090954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccatcgCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < USA300TCH1516_ALE/2090971‑2090882 AAAAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGTCGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATCACCATTT > 1:1976506/1‑91 AAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAA > 2:142040/1‑91 AAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAA > 1:133396/1‑91 AGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAAC < 1:1487880/91‑1 AGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATATTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATGTAAC < 2:2704718/91‑1 GGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACC < 2:970739/91‑1 GGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACC < 1:3293516/91‑1 GGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACC > 1:2784087/1‑91 GGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACC > 2:1747868/1‑91 GGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACC > 1:1838499/1‑91 GGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATAAATAACCATTTAACC > 2:3431991/1‑91 GGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCA < 1:1516070/91‑1 GGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCA > 2:2318569/1‑91 GGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCA < 1:1294596/91‑1 GGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCA < 2:973905/91‑1 GGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCA < 2:974146/91‑1 GGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCA > 1:3808615/1‑91 GCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCAT > 2:3346748/1‑91 CAACGTGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC < 2:1200946/91‑1 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 2:3385980/1‑91 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 1:542984/1‑91 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 1:2943551/1‑91 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 2:658725/1‑91 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 2:994026/1‑91 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 1:2519096/1‑91 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATAAGGCCGTTAAAAAGACGGAGGCTCTCTTACATTAAAGATTAAATTAAAAACCATCTAACCATC > 2:994794/1‑91 AACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG < 2:2459936/91‑1 ACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGC > 2:2962050/1‑91 ACACGCGCTAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTCTCATAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCaa > 2:1688091/1‑89 ATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCcaaa > 2:1503292/1‑87 GTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGT < 1:3223134/91‑1 GTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGT < 2:1523376/91‑1 GTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGT < 2:1523782/91‑1 ACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTC < 2:1494802/91‑1 CCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCG < 1:3394776/91‑1 CCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCG < 1:2802056/91‑1 CCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCG < 1:3657462/91‑1 CCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGA < 2:3627585/91‑1 CCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGA < 1:767454/91‑1 CCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGA < 2:3332350/91‑1 CCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGA < 1:3895469/91‑1 CTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGAT < 1:218149/91‑1 CTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGAT < 2:1180978/91‑1 CTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGAT < 2:3737324/91‑1 TAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATG < 1:2540199/91‑1 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTCACGGGCTC > 2:1207054/1‑91 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 2:1206934/1‑91 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 1:2511525/1‑91 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 1:732838/1‑91 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA < 1:2926431/91‑1 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA < 2:154271/91‑1 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA > 1:770384/1‑91 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA > 1:770383/1‑91 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA > 1:1288070/1‑91 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA > 2:2658397/1‑91 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA < 1:2809331/91‑1 ACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTCATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCAT > 2:1553050/1‑91 ACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCAT > 1:219913/1‑91 ACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCAT > 2:3539516/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 1:866784/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 2:3269/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 2:2990593/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT < 1:918975/91‑1 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 1:867139/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 1:867013/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 1:866816/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTCTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 1:1312977/1‑91 CATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTA < 2:998863/91‑1 CATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTA < 2:998368/91‑1 CATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTA < 2:998490/91‑1 ATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAG > 2:839204/1‑91 ATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAG > 1:3921842/1‑91 TCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAATATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGG < 2:3878266/91‑1 TCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGG < 2:2527385/91‑1 TCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGG > 1:2851162/1‑91 TCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGG > 1:2319138/1‑91 TCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGG > 1:1204328/1‑91 CGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGG > 2:435090/1‑91 GCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < 2:3067979/91‑1 GCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < 1:1152935/91‑1 GCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < 1:1095246/91‑1 AAAAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2090856‑2090954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccatcgCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < USA300TCH1516_ALE/2090971‑2090882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |