New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090954 | 191 (0.940) | 15 (0.080) | 6/142 | NT | 8.0% | intergenic (‑188/+350) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2090971 | 177 (0.980) | intergenic (‑205/+333) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTACTA > USA300TCH1516_ALE/2090881‑2091062 | tACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAg < 2:679796/91‑1 (MQ=255) aCCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGc < 1:1095246‑M2/91‑2 (MQ=255) aCCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGc < 1:1152935‑M2/91‑2 (MQ=255) cccTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcg > 2:435090‑M2/1‑89 (MQ=255) ccTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcga > 1:2319138‑M2/1‑88 (MQ=255) ccTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcga > 1:2851162‑M2/1‑88 (MQ=255) cTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgat > 2:839204‑M2/1‑87 (MQ=255) cTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgat > 1:3921842‑M2/1‑87 (MQ=255) tAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatg < 2:998368‑M2/91‑6 (MQ=255) aaTGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAGACCAGCCAAAGTTAGcgatgg > 1:1312977‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatgg > 1:866816‑M2/1‑85 (MQ=255) aTGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatggt > 2:3539516‑M2/1‑84 (MQ=255) tGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatggtt < 2:154271‑M2/91‑9 (MQ=255) tGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatggtt < 1:2926431‑M2/91‑9 (MQ=255) tGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatggtt > 1:770383‑M2/1‑83 (MQ=255) gAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatggtta > 1:2511525‑M2/1‑82 (MQ=255) gAGCCCGTGAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGcgatggtta > 2:1207054‑M2/1‑82 (MQ=255) aGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAt < 1:2598075/91‑1 (MQ=255) cccGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttt < 1:844717/91‑1 (MQ=255) ccGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAtttt < 2:2205457/91‑1 (MQ=255) cGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttttt > 1:638131/1‑91 (MQ=255) cGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttttt < 1:779782/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAAGCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAt < 1:3944971/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAt < 2:3773489/91‑1 (MQ=255) aaaaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAtt > 2:170058/1‑91 (MQ=255) aaaaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAtt > 1:885562/1‑91 (MQ=255) aaaaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAtt > 2:30607/1‑91 (MQ=255) aaaaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAtt < 2:3445069/91‑1 (MQ=255) aaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGc > 1:1037986/1‑91 (MQ=255) aaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGc < 2:1617980/91‑1 (MQ=255) aaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCt < 2:2844412/91‑1 (MQ=255) aaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCt > 1:2567094/1‑91 (MQ=255) aGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCtt < 2:2598600/91‑1 (MQ=255) cGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAAt > 2:1997819/1‑91 (MQ=255) gTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTc < 2:2992440/91‑1 (MQ=255) tGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAAGCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTGTTATTGCTTAATTCa < 1:3375911/91‑1 (MQ=255) tGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCa > 1:3098153/1‑91 (MQ=255) gCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAAt < 2:535392/91‑1 (MQ=255) cTATTTTAGAGTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATa < 2:1003485/91‑1 (MQ=255) aTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAg < 1:2206929/91‑1 (MQ=255) aTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAg > 1:1579906/1‑91 (MQ=255) aTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAg < 2:3659090/91‑1 (MQ=255) tttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCt > 1:2080142/1‑91 (MQ=255) tttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCt < 1:893176/91‑1 (MQ=255) tttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCCTAATTCAATAAGCt < 1:803935/91‑1 (MQ=255) ttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCtt > 1:1998666/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCtt > 2:3618687/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGCTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCtt > 1:930700/1‑91 (MQ=255) agattaaagattaaATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGa < 2:2391126/91‑1 (MQ=255) attaaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGAtt < 2:1630836/91‑1 (MQ=255) ttaaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTa > 1:3871603/1‑91 (MQ=255) taaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTAc < 2:1023821/91‑1 (MQ=255) aagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATCGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTa < 2:2245874/91‑1 (MQ=255) gattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGa > 2:1259675/1‑91 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 2:943608/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 1:1389169/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 1:3460189/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 1:1584629/91‑1 (MQ=255) ttaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAAGCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAcc < 1:3175443/91‑1 (MQ=255) aaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTTCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGATCtt > 2:2783446/1‑90 (MQ=255) aaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTa < 1:504614/91‑1 (MQ=255) attaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATc < 1:2586401/91‑1 (MQ=255) taataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCaa < 1:2430042/91‑1 (MQ=255) taataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCaa < 1:2492143/91‑1 (MQ=255) aataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCGAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAAt < 2:1791241/91‑1 (MQ=255) aataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAAt > 1:22704/1‑91 (MQ=255) aataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAAt > 2:2339337/1‑91 (MQ=255) aataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAAt > 2:3849756/1‑91 (MQ=255) aataaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAAt < 2:3801986/91‑1 (MQ=255) taaCCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGc > 1:3894404/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |