| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2142773 = | 195 (0.960) | 18 (0.100) | 10/148 | NT | 9.4% | coding (152/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2142794 = | 167 (0.890) | coding (173/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein | |||||
GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2142868‑2142773‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG > USA300TCH1516_ALE/2142794‑2142883 GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGC < 2:3093860/91‑1GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGC < 1:2343934/91‑1GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATGTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGC < 2:777563/91‑1 AATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCG < 1:2541741/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTCATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA > 1:3671038/1‑91 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTCATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA > 1:3671077/1‑91 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA > 2:692040/1‑91 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 2:371286/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 1:2576023/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA > 1:444296/1‑91 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 1:2496489/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 1:2496307/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 1:2494841/91‑1 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT < 1:1315242/91‑1 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT < 1:1315207/91‑1 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT < 1:774561/91‑1 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT > 2:14894/1‑91 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT > 2:2871964/1‑91 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGAGGCGGCGAT > 1:3549542/1‑91 GATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT < 1:853504/91‑1 GATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT < 2:1147717/91‑1 GATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAACTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:3665780/1‑91 GATATATTTTTTAGGCTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:3370754/1‑91 GATATATTTTTTAGGATCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:3370287/1‑91 ATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA > 1:2099150/1‑91 ATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA < 2:242586/91‑1 ATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA > 1:2599270/1‑91 ATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTAGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA > 2:2997892/1‑91 ATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTT < 1:3867021/91‑1 TTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAA < 1:37648/91‑1 TTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAA < 2:545175/91‑1 TTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATT < 1:2024936/91‑1 tatGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAA < 2:3655359/88‑1 CTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAA < 1:938875/91‑1 AAATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATA > 2:2886090/1‑91 AAATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATA > 1:1844699/1‑91 AAATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATA > 2:2178425/1‑91 AAATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATA > 2:2173743/1‑91 AATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATAT > 1:3553820/1‑91 AATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATAT > 1:1921724/1‑91 AATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATAT > 2:1177998/1‑91 ATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCA > 1:752153/1‑91 CGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATT > 1:2688603/1‑91 GTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTC > 1:2561760/1‑91 GTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTC > 1:2005093/1‑91 TCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCC > 1:654709/1‑91 TCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCC > 1:455970/1‑91 GCGGCGATTTTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCCTGGG > 2:3162280/1‑91 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT > 1:419736/1‑91 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT > 2:2149765/1‑91 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 2:1273196/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:2154802/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:156404/91‑1 ATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGC < 2:2467213/91‑1 ATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGC < 2:3399188/91‑1 ATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGC < 2:603428/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAATAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 1:3691172/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 1:1880987/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 2:1974233/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 1:1881782/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 1:1881790/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 2:1345594/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:848881/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:3090123/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCCAACAAATATATCATTCCATCCGCATTGCT > 2:543901/1‑91 TTATTTTAATTAAGTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT < 1:3574567/91‑1 TATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTT > 1:2449583/1‑91 TATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTT > 2:954792/1‑91 ATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG > 1:1898433/1‑91 ATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG > 2:3743509/1‑91 ATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATAGCATTCCATGGGCATTGCTTG < 1:2836120/91‑1 GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2142868‑2142773‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG > USA300TCH1516_ALE/2142794‑2142883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |