BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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TACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG  >  USA300TCH1516_ALE/2142704‑2142883

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                                                                             gccACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCAt              <  2:313499/91‑1 (MQ=255)

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                                                                               cACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCGTgg            >  1:3190847/1‑91 (MQ=255)

                                                                               cACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATgg            >  2:1708792/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 cgacgaTTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGc          <  1:1272570/91‑1 (MQ=255)

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                                                                                  gacgaTTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCa         <  1:758278/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCAtt       >  2:2149765‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                      attaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGc     <  2:3399188‑M2/87‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCt    <  2:1974233‑M2/88‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCt    <  1:1880987‑M2/88‑1 (MQ=255)

                                                                                         aTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATAGCATTCCATGGGCATTGCTTg  <  1:2836120‑M2/90‑1 (MQ=255)

TACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG  >  USA300TCH1516_ALE/2142704‑2142883

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.