| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2142773 = | 195 (0.960) | 18 (0.100) | 10/148 | NT | 9.4% | coding (152/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2142794 = | 167 (0.890) | coding (173/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CGCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATAT > USA300TCH1516_ALE/2142683‑2142863 | caagcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaat > 1:1898433‑M1/91‑91 (MQ=255)cGCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTAttttt < 2:878744/91‑1 (MQ=255) gCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATCGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTa > 2:3852896/1‑91 (MQ=255) aagcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaata > 1:2449583‑M1/90‑91 (MQ=255) cTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTaa > 1:1159220/1‑91 (MQ=255) agcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaacttaattaaaataa < 1:3574567‑M1/3‑1 (MQ=255) agcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataa < 1:1881782‑M1/3‑1 (MQ=255) ttCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAAt < 2:2496803/91‑1 (MQ=255) ttCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAAt < 2:1442128/91‑1 (MQ=255) ttCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAAt < 1:3871194/91‑1 (MQ=255) caatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATc < 2:1273196‑M1/5‑1 (MQ=255) aatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATcg > 1:419736‑M1/86‑91 (MQ=255) tcATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcgc > 2:689681/1‑91 (MQ=255) ttGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcgtcgt < 1:3840948/91‑5 (MQ=255) cccagggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaAAATcgccgc > 2:3162280‑M1/82‑91 (MQ=255) tggaaaaaaaTTCCGATTTGCACGATATAGTGGCATAGAACTGGCTAAAGGAGTAATTTACATACATCTTGTTCTATTTTTAAACgccgcc < 2:3675032/88‑1 (MQ=255) gTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCa < 1:994996/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacg > 2:3962330/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacg < 2:3218937/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTACCATCTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAGTCGCCGCCacg < 1:2293192/91‑1 (MQ=255) ggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCacga > 1:654709‑M1/77‑91 (MQ=255) aaaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacga < 1:292183/91‑1 (MQ=255) gaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCacgac > 1:2005093‑M1/76‑91 (MQ=255) aatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCacgacg > 1:2688603‑M1/75‑91 (MQ=255) aaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacgacg > 1:3822944/1‑91 (MQ=255) aaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGat < 1:1777541/91‑1 (MQ=255) atattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCACGACGattatt > 1:1921724‑M1/69‑91 (MQ=255) atattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCACGACGattatt > 2:1177998‑M1/69‑91 (MQ=255) aCCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGattatt < 1:1042048/91‑1 (MQ=255) tattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCACGACGATTAttt > 2:2886090‑M1/68‑91 (MQ=255) tattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCACGACGATTAttt > 2:2178425‑M1/68‑91 (MQ=255) ccATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTAttt > 2:907755/1‑91 (MQ=255) cATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTAtttt > 2:2228813/1‑91 (MQ=255) cATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTAtttt > 2:2796180/1‑91 (MQ=255) cATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTAtttt > 1:795884/1‑91 (MQ=255) tttGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaa > 2:185947/1‑91 (MQ=255) tttGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaa > 1:2059546/1‑91 (MQ=255) tttGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaa > 2:2737355/1‑91 (MQ=255) tACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaattaa > 1:2360087/1‑91 (MQ=255) cAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTaattaatt > 1:1626578/1‑91 (MQ=255) aaTATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAAttt > 2:276105/1‑91 (MQ=255) atatAGTGGCATAGAACTGGCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATtta < 2:1657870/91‑1 (MQ=255) atatAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATtta > 1:3008531/1‑91 (MQ=255) ataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaa > 2:2300211/1‑91 (MQ=255) ataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaa < 1:735714/91‑1 (MQ=255) taGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaa < 2:1883863/91‑1 (MQ=255) aGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaa < 1:3123860/91‑1 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat < 1:1502240/91‑1 (MQ=255) tGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaatt > 1:3742884/1‑91 (MQ=255) tGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaatt < 2:1344393/91‑1 (MQ=255) gCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaa > 1:1680639/1‑91 (MQ=255) gCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaa > 1:2930527/1‑91 (MQ=255) cATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttttaaattaat < 1:3641941/91‑2 (MQ=255) cATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaa < 2:1991046/91‑1 (MQ=255) cATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaa > 2:2393111/1‑91 (MQ=255) cATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaa < 2:1620128/91‑1 (MQ=255) aTAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaaa > 1:3480955/1‑91 (MQ=255) tAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaaaa > 2:492204/1‑91 (MQ=255) aGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACATGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTtaaaaattaaaaat < 1:3366527/91‑1 (MQ=255) cTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaa < 2:3582168/91‑1 (MQ=255) gACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaaca > 1:251492/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa < 2:3264581/91‑1 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa > 2:332867/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa > 1:1370381/1‑91 (MQ=255) tAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACaaaa > 2:2946005/1‑91 (MQ=255) aaaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaat < 1:3950593/91‑1 (MQ=255) aaaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaat < 1:311211/91‑1 (MQ=255) aaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaatt > 1:1472799/1‑91 (MQ=255) aaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaatt > 2:252499/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaatta < 1:2442496/91‑1 (MQ=255) cAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattaga > 2:1318799/1‑91 (MQ=255) gTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaat > 2:3419120/1‑91 (MQ=255) gTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaat > 1:2535276/1‑91 (MQ=255) tCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatt > 1:3287546/1‑91 (MQ=255) tCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatt > 1:1255197/1‑91 (MQ=255) acATTTACATACAACTTATTCTATTTATAATCACCGCCACGACGATTATTGTAATTAAAAAAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatt < 2:1896025/90‑1 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta > 1:1819236/1‑91 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta < 2:2194248/91‑1 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta > 1:528029/1‑91 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta > 1:802471/1‑91 (MQ=255) aTTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaattag < 1:909710/91‑1 (MQ=255) tttACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAattagaattaga > 2:965349/1‑91 (MQ=255) ttACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAAttagaattagaa < 1:2639721/91‑1 (MQ=255) tacataccACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAg < 2:3504920/91‑1 (MQ=255) tacatacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAg < 2:607250/91‑1 (MQ=255) acatacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGt > 1:378974/1‑91 (MQ=255) catacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGtt > 1:1883880/1‑91 (MQ=255) atacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAAATTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTa < 2:2059710/91‑1 (MQ=255) ttGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAAcc > 1:375089/1‑91 (MQ=255) tGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCt < 1:2789253/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 2:562391/91‑1 (MQ=255) tCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaa > 1:28401/1‑91 (MQ=255) aattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaa < 1:2024936‑M1/83‑1 (MQ=255) tATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaaaa > 1:3521453/1‑91 (MQ=255) tttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatat < 2:2148002/91‑1 (MQ=255) tttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatat < 1:1551761/91‑1 (MQ=255) TAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCTACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatatat > 2:2997892‑M1/1‑91 (MQ=255) TAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatatat < 2:242586‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatatat > 1:2599270‑M1/1‑91 (MQ=255) TAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatatat > 1:2099150‑M1/1‑91 (MQ=255) | CGCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATAT > USA300TCH1516_ALE/2142683‑2142863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |