| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2150647 = | 177 (0.870) | 19 (0.110) | 11/136 | NT | 10.9% | intergenic (+310/+57) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2150691 = | 161 (0.930) | intergenic (+354/+13) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase | |||||
ATTAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2150748‑2150647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > USA300TCH1516_ALE/2150691‑2150780 ATTAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGC < 1:1793851/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGCATCTTGTGCTAC < 1:3032819/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC < 2:855854/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC < 1:1657386/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCAGTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC < 2:3398442/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |