New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2150647 = | 177 (0.870) | 19 (0.110) | 11/136 | NT | 10.9% | intergenic (+310/+57) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2150691 = | 161 (0.930) | intergenic (+354/+13) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAAC > USA300TCH1516_ALE/2150601‑2150781 | acattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttaaAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATaa > 1:3308740‑M1/44‑91 (MQ=255) aaTGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATaaa < 1:1000493/91‑1 (MQ=255) aTGCTATAATTTCCCACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTATAACACAGTGTAGCCCAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATaaaa > 2:3410176/1‑90 (MQ=255) tGCTGTAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATg > 1:3125814/1‑91 (MQ=255) tGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATg > 1:141414/1‑91 (MQ=255) cTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGaa < 2:1466536/91‑1 (MQ=255) cTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGaa > 1:258384/1‑91 (MQ=255) aaTTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAactat > 1:3193622/1‑91 (MQ=255) aggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAattatt > 1:1992303‑M1/34‑91 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt < 2:1614501/91‑1 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt < 1:2562052/91‑1 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt < 2:59098/91‑1 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt < 1:529502/91‑1 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt < 2:2408083/91‑1 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt > 2:2781176/1‑91 (MQ=255) tttCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAttt < 2:1242834/91‑1 (MQ=255) cTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTaaaa < 2:2341348/91‑1 (MQ=255) tACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAAt > 1:458936/1‑91 (MQ=255) aCTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATg > 1:2699238/1‑91 (MQ=255) cTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGc > 2:2378215/1‑91 (MQ=255) cTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGc < 2:2174364/91‑1 (MQ=255) ccGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAGAATGCtt > 1:1970652/1‑91 (MQ=255) ccGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCtt < 1:2496153/91‑1 (MQ=255) ccGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCtt < 2:2234153/91‑1 (MQ=255) ccGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCtt < 2:557071/91‑1 (MQ=255) gAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTc < 2:1374799/91‑1 (MQ=255) gAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTAAAAATGCTTGTTc > 1:2194503/1‑91 (MQ=255) aaTCTTATTTTGTTTTAAAAGACAGGGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTGAAAATGCTTGTTCa < 2:2195165/91‑1 (MQ=255) tCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAAc > 2:1342345/1‑91 (MQ=255) tCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAAc < 2:1973822/91‑1 (MQ=255) cTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAAcc < 2:1001941/91‑1 (MQ=255) aataattcatttataaaacagtgtaggaaacaagttgaatcttgtgctacactgttttTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACct > 2:2959752‑M2/59‑91 (MQ=255) tATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACctc < 2:18006/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACctct < 2:2095120/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACctct > 2:1048662/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACctct < 2:2055832/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTCTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATACAACTTGTTTCCTACCCTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCATGTTCAACctct > 2:1105729/1‑91 (MQ=255) ttttGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCtt < 1:3090873/91‑1 (MQ=255) ttttGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCtt < 2:2914133/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGt > 1:1346101/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATg < 1:773270/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAACAGCGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATg > 1:3055550/1‑91 (MQ=255) tAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGtt < 1:2233694/91‑1 (MQ=255) tAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGtt > 1:427685/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTg < 2:491171/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTgg > 2:3569501/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTgg < 1:1583748/91‑1 (MQ=255) taCATTGTAGCACAAGATTCAACTTGATTCCTTCACGGTTTTATAAATGATTTATTTAAAATGCTTGTTTAACCTCTTGTAATGTTGGCag < 2:3915815/90‑2 (MQ=255) AACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCaa < 1:1861663‑M1/91‑1 (MQ=255) acagtgtaggaaacaagttgaatcttgtgctacactgttttATAAATGAATTATTTAATATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCaaa > 1:3357110‑M2/42‑91 (MQ=255) acagtgtaggaaacaagttgaatcttgtgctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCaaa > 2:1695689‑M2/42‑91 (MQ=255) ACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAAtgttggtaaa > 1:3392925‑M1/1‑87 (MQ=255) ACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCaaa < 1:865792‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACt < 1:611238‑M1/91‑1 (MQ=255) gtgtaggaaacaagttgaatcttgtgctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTa > 1:12690‑M2/39‑91 (MQ=255) GTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTCTTTAAACTGCTTGTTCACCCTCTTGTCATGATGTCAAActt < 2:3741363‑M1/91‑2 (MQ=255) GTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTa > 1:1800669‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTa > 1:1488903‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAt > 1:545803‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAt > 1:49303‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAt < 1:3021798‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAt > 1:2283586‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAt > 2:805353‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAt > 1:1099887‑M1/1‑91 (MQ=255) GTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAtt < 2:855854‑M1/91‑1 (MQ=255) ggaaacaagttgaatcttgtgctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAAt > 1:1767592‑M2/34‑91 (MQ=255) GCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAAt < 1:1793851‑M1/91‑1 (MQ=255) cacaAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATa < 1:2815550/91‑1 (MQ=255) aaacaagttgaatcttgtgctacactgttttATAAATCAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAg > 1:3332435‑M2/32‑91 (MQ=255) aGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTAGTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCAc > 2:1641291/1‑91 (MQ=255) aTTCAACTTGTTTCCTGCACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTGCCGCCTCTTGTAATGTTGGCGAACTATTAATAGCGCCa < 2:2635367/91‑1 (MQ=255) aTTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCa < 1:232249/91‑1 (MQ=255) aTTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCa < 2:1511086/91‑1 (MQ=255) aTTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCa < 2:2270403/91‑1 (MQ=255) tCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATa < 1:1675256/91‑1 (MQ=255) cAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCATCATAc > 2:3635382/1‑91 (MQ=255) cAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATAc < 2:2684299/91‑1 (MQ=255) cAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATAc > 1:2033866/1‑91 (MQ=255) 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tttCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTg > 1:1220137/1‑91 (MQ=255) tCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTc < 1:1126134/91‑1 (MQ=255) tCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTc < 2:3223976/91‑1 (MQ=255) ccTACACTGTTTTATAAATGAATTTTTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCa > 1:3101306/1‑91 (MQ=255) ccTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCa < 1:2927939/91‑1 (MQ=255) ccTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCa > 1:3800573/1‑91 (MQ=255) acactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTa > 2:3070573‑M2/11‑91 (MQ=255) ctgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTg < 1:3658798‑M2/84‑1 (MQ=255) ttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTgcagca > 2:3496877‑M2/3‑91 (MQ=255) ttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTGCGTTGTCACTATTgcagca < 2:2794514‑M2/89‑1 (MQ=255) ataAATGTATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTCATGCAGCAAc < 2:178023/91‑1 (MQ=255) ataAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAAc < 1:8159/91‑1 (MQ=255) ataAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAAc < 2:1976065/91‑1 (MQ=255) ataAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATAAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAAc > 2:3901101/1‑91 (MQ=255) | ATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAAC > USA300TCH1516_ALE/2150601‑2150781 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |