| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2150647 = | 177 (0.870) | 19 (0.110) | 11/136 | NT | 10.9% | intergenic (+310/+57) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2150691 = | 161 (0.930) | intergenic (+354/+13) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase | |||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TTTTTAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGC > USA300TCH1516_ALE/2150557‑2150737 | tttttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAA > 1:1467993‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAA < 1:830561‑M1/91‑1 (MQ=255) tgctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttataa < 2:2177997‑M1/2‑1 (MQ=255) ttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAA < 2:2769471‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAACAAAATATACTAAATTTGAAATAGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAA > 2:2249552‑M1/1‑91 (MQ=255) ctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttataaaa > 1:3068854‑M1/88‑91 (MQ=255) ctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctatcaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcactttaaataatccatttataaaa < 2:3013416‑M1/4‑1 (MQ=255) tAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAAC < 2:495896‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAAC > 1:3013276‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAGTTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAG < 1:3100786‑M1/91‑1 (MQ=255) aCAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAG > 1:1343755‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAG < 1:2632780‑M1/91‑1 (MQ=255) cAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGT > 2:3746970‑M1/1‑91 (MQ=255) cAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGT < 2:462199‑M1/91‑1 (MQ=255) tagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAgtgt > 2:3070573‑M1/82‑91 (MQ=255) aaaTATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGT < 1:2510621‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGT > 1:1288698‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTA > 1:2177997‑M1/1‑91 (MQ=255) gtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAg > 2:2793535‑M1/80‑91 (MQ=255) taCTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGcac < 2:138851/91‑1 (MQ=255) taCTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGcac < 2:3224310/91‑1 (MQ=255) taCTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGcac < 1:1798045/91‑1 (MQ=255) aCTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGcaca < 2:1353788/91‑1 (MQ=255) tAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAg > 1:3489442/1‑91 (MQ=255) tAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAg < 2:1517249/91‑1 (MQ=255) tAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAg > 2:3828462/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGAtt < 1:3895249/91‑1 (MQ=255) tttGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTc < 1:1061389/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCa < 2:3345937/91‑1 (MQ=255) aaaTTGGCAGTTTCTATACATAGAGTGCTATAAGTTCCAACTCCGTGAATCGGATTGTGTTATAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACt < 2:750265/91‑1 (MQ=255) aaaTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACt < 2:828233/91‑1 (MQ=255) aaTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACtt > 2:1459667/1‑91 (MQ=255) aaTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACtt > 2:597107/1‑91 (MQ=255) aaTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACtt > 1:126021/1‑91 (MQ=255) aaTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACtt > 1:2338291/1‑91 (MQ=255) aTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTg < 1:1866893/91‑1 (MQ=255) gctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGtt > 2:3791110‑M1/62‑91 (MQ=255) gACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGttt > 1:201061/1‑91 (MQ=255) cAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCc > 1:3171051‑M2/1‑90 (MQ=255) cAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCc > 2:287922‑M2/1‑90 (MQ=255) attaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTcc > 2:227670‑M1/59‑91 (MQ=255) aGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGgaaacaagttgaatcttgtgct < 2:2015329‑M1/91‑23 (MQ=255) aGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCct > 1:3217065‑M2/1‑89 (MQ=255) aGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCct < 1:240142‑M2/91‑3 (MQ=255) aGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCct > 1:2186984‑M2/1‑89 (MQ=255) ttCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCctaca > 1:647620‑M2/1‑86 (MQ=255) 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ttttGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCtt < 1:226208/91‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTaa > 1:219836/1‑91 (MQ=255) gTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTaa > 1:1768880/1‑91 (MQ=255) tttATTAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCctacactgttttataaaacaaaataagattcacggagtaggaaattatagcatt < 2:594227‑M2/91‑55 (MQ=255) aaaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTg > 2:2621981/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTgg < 1:1583748/91‑1 (MQ=255) | TTTTTAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGC > USA300TCH1516_ALE/2150557‑2150737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |