| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2160376 = | 178 (0.870) | 14 (0.080) | 7/136 | NT | 8.2% | intergenic (+9/‑352) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2160413 = | 163 (0.940) | intergenic (+46/‑315) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2160477‑2160376‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agttagagttatTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAATT > USA300TCH1516_ALE/2160413‑2160502 AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA > 2:722190/1‑91AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 1:3034543/91‑1AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATATGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 2:2452604/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 2:3061847/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 1:329647/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 2:954060/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 1:2370189/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 1:2197096/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 1:2158621/91‑1 TCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTAGTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGT < 2:2527526/91‑1 CTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTT > 1:1163640/1‑91 TGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTA < 1:3758655/91‑1 TGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTA < 1:2463933/91‑1 TGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTA > 1:8279/1‑91 GTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAATAAAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTA < 2:754874/91‑1 GTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAG > 2:2657028/1‑91 TGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGA < 2:1202563/91‑1 GATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGT > 2:1570735/1‑91 GATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGT < 2:2584114/91‑1 TAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTA < 1:702532/91‑1 TAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTA < 2:3563657/91‑1 agtTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAATTTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT < 2:3112729/88‑1 AGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT > 1:2211080/1‑91 AGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT > 1:3961426/1‑91 TAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAA > 1:2075794/1‑91 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTCTCGCTAT > 2:3642211/1‑91 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATGTCTAT > 2:3642058/1‑91 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTAT > 1:213079/1‑91 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTAT > 1:2666180/1‑91 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATC > 2:1702538/1‑91 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATC > 1:2050192/1‑91 CTCTAACTATTGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCC > 2:858584/1‑91 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCC > 1:1049312/1‑91 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCC > 1:2773157/1‑91 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCC > 1:1049366/1‑91 TCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCA > 1:173619/1‑91 ACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGc > 1:2734442/1‑90 TAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTA > 2:1364973/1‑91 AGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCC > 1:777944/1‑91 AGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCC < 1:1155538/91‑1 GTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCA < 2:158090/91‑1 GTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATACTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCA > 1:3241862/1‑91 TTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCAC > 1:1072629/1‑91 TTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTATTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCAC < 2:203149/91‑1 AGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAA < 1:1265131/91‑1 GAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAG > 2:2080805/1‑91 GAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAG > 2:308148/1‑91 AGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGT < 2:929473/91‑1 AGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGT < 2:968006/91‑1 AGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGT < 2:1369237/91‑1 AGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGT > 2:1144865/1‑91 AGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGT < 1:2410881/91‑1 GTTATTTTTTTGCAAATTTTAATGTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTTTCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTA < 2:3015438/91‑1 GTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTA > 2:2544197/1‑91 GTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTA > 2:1352720/1‑91 GTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTA < 2:1098729/91‑1 ATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAAT > 2:2986134/1‑91 ATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAAT < 2:2963117/91‑1 ATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAAT > 2:3643327/1‑91 ATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAAT < 1:359617/91‑1 ATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAAT < 1:359468/91‑1 TTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAATT < 2:2823829/91‑1 TTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAATT < 1:1033878/91‑1 AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2160477‑2160376‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agttagagttatTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAATT > USA300TCH1516_ALE/2160413‑2160502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |