| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2160376 = | 178 (0.870) | 14 (0.080) | 7/136 | NT | 8.2% | intergenic (+9/‑352) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2160413 = | 163 (0.940) | intergenic (+46/‑315) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCT > USA300TCH1516_ALE/2160286‑2160466 | aTTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:2055500‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:2919303‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 1:1735361‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACAT > 1:3467558‑M1/1‑91 (MQ=255) atttacttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaAt < 1:359468‑M1/2‑1 (MQ=255) tAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATA < 1:1564660‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAA < 1:2012597‑M1/91‑1 (MQ=255) tacttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAAc < 2:1098729‑M1/5‑1 (MQ=255) acttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAAct > 2:1144865‑M1/86‑91 (MQ=255) acttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAAct < 2:1369237‑M1/6‑1 (MQ=255) tATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTC < 2:1595111‑M1/91‑1 (MQ=255) cttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAActc > 2:2080805‑M1/85‑91 (MQ=255) aTCCAAAAACAAGAAAGAAAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCT < 2:1239058‑M1/91‑1 (MQ=255) tgggtaactaggataagtctgtggatagctatagtatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAACTCTAAc > 1:3241862‑M1/81‑91 (MQ=255) 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ataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtctatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtg < 2:3769257‑M2/91‑63 (MQ=255) ataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtattat < 2:3297621/91‑1 (MQ=255) taCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgt < 2:1324590‑M2/91‑64 (MQ=255) taCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATtata < 1:288835/91‑1 (MQ=255) cATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGc > 1:208901/1‑91 (MQ=255) ATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCt > 1:3961426‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCT > USA300TCH1516_ALE/2160286‑2160466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |