| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160387 | 177 (0.870) | 13 (0.080) | 10/136 | NT | 7.7% | intergenic (+20/‑341) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160400 | 163 (0.940) | intergenic (+33/‑328) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2160286‑2160387‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataactctaactATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTTC < USA300TCH1516_ALE/2160400‑2160311 ATTAGCTATCCTAAAACAAGATCTCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGCAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:3008385/91‑1ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:2919303/91‑1ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:2055500/91‑1ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 1:1735361/91‑1ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:2055548/91‑1 TTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACAT > 2:1098269/1‑91 TTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACAT > 1:3467558/1‑91 TAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATA < 1:1564660/91‑1 AGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAA < 1:2012597/91‑1 AGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAA > 1:2218590/1‑91 GCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAAC > 2:2892554/1‑91 GCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAAC > 2:3349400/1‑91 CTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACT > 2:1328561/1‑91 CTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACT > 1:70781/1‑91 CTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACT > 2:1328766/1‑91 aATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTC < 2:3045656/90‑1 TATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTC < 2:1595111/91‑1 TATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTC < 1:2113399/91‑1 TATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTC > 1:3476820/1‑91 ATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCT > 1:2495772/1‑91 ATCCAAAAACAAGAAAGAAAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCT < 2:1239058/91‑1 CCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAA > 2:2403160/1‑91 ACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAG < 2:3606358/91‑1 GCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTA < 2:2115469/91‑1 GCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTA < 1:1112755/91‑1 GAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 1:2090088/91‑1 AACAAAGATCAGAGCACGCGATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAGCTATAGCGGTTTTACAG < 2:3341939/91‑1 CAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTT < 2:1679908/91‑1 AAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAG < 1:3062035/91‑1 ATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGT < 2:2620051/91‑1 AGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT < 1:3916203/91‑1 ACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTA < 2:1324590/91‑1 CACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTAT < 1:22287/91‑1 CACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATAGACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTAT < 2:3769257/91‑1 TGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTA < 1:2281673/91‑1 TGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTA < 1:2281647/91‑1 aaacAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTT < 1:3563711/87‑1 TAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTA < 2:225765/91‑1 TAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTA < 2:3019707/91‑1 TAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTA < 2:6622/91‑1 TAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTA < 2:3720625/91‑1 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAA > 1:1131483/1‑91 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAA < 2:3571789/91‑1 AACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAA > 1:1908373/1‑91 ACTCTAACTATATCGTTTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT < 2:599896/91‑1 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT < 2:1893859/91‑1 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT < 2:2686948/91‑1 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT < 1:1641176/91‑1 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT > 2:3877154/1‑91 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT < 1:3569246/91‑1 ACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAAT > 2:2754064/1‑91 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATa > 2:3919218/1‑90 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATT > 1:3474919/1‑91 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATT < 1:1337271/91‑1 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATT > 2:2461040/1‑91 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATT < 2:3216023/91‑1 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATT < 1:583452/91‑1 CTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATT < 1:967035/91‑1 TCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTT > 2:820574/1‑91 TCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTT > 2:3659881/1‑91 TCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTT > 2:3024768/1‑91 TCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTT < 1:1107712/91‑1 CTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTT < 2:1120686/91‑1 CTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTT < 1:505111/91‑1 CTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTT < 1:2277/91‑1 CTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTT < 1:2487517/91‑1 TAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTT < 1:1019145/91‑1 AACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTt > 2:2631516/1‑90 AACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTG < 1:1193833/91‑1 AACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTG < 1:2795817/91‑1 ACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGT < 2:182911/91‑1 ACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGT > 2:447616/1‑91 ACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGT > 1:952934/1‑91 CTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTT < 1:3605466/91‑1 CTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTT < 1:3812670/91‑1 CTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTT < 1:3812802/91‑1 CTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTT < 1:3813004/91‑1 TATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTTC > 1:2744793/1‑91 TATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTTC < 1:3849708/91‑1 TATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTTC < 1:3851476/91‑1 ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2160286‑2160387‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataactctaactATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTATGTATATTTTTATAGTTTTTGTTGTAATTCTTCCCATTTAGACATAGCGTGTTCTAATTTTTGTTC < USA300TCH1516_ALE/2160400‑2160311 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |