| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160387 | 177 (0.870) | 13 (0.080) | 10/136 | NT | 7.7% | intergenic (+20/‑341) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160400 | 163 (0.940) | intergenic (+33/‑328) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
AAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACT > USA300TCH1516_ALE/2160298‑2160477 | aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg < 2:2144660/91‑1 (MQ=255)aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg < 1:2540177/91‑1 (MQ=255)aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg < 1:1208553/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGt > 2:19665/1‑91 (MQ=255) aCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatag < 2:3606358‑M1/91‑5 (MQ=255) aCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTaa > 2:1106381/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |