| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160387 | 177 (0.870) | 13 (0.080) | 10/136 | NT | 7.7% | intergenic (+20/‑341) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160400 | 163 (0.940) | intergenic (+33/‑328) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACC > USA300TCH1516_ALE/2160311‑2160490 | gAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATa < 1:3849708‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATag < 1:3812670‑M2/91‑3 (MQ=255) gctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGt > 1:2734442‑M1/64‑91 (MQ=255) aCAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagt > 2:447616‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagtta < 1:1019145‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttaga > 2:3024768‑M2/1‑84 (MQ=255) ggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTagag > 1:1049366‑M1/59‑91 (MQ=255) ggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTagag > 1:2773157‑M1/59‑91 (MQ=255) ggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAACTCTAACTGTAAAATCGCAATAGTTagag > 2:858584‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 1:967035‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 1:583452‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 1:1337271‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagt < 1:1641176‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagt > 2:2754064‑M2/1‑82 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |