| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 2218261 = | 135 (0.860) | intergenic (+54/+5) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GTCAACTTGCTTGTAGTTGTGAACTTACATTTGCAATTCAAGATGTAAAATAAAACAAAAAAAA‑CATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2218318‑2218211‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatctttgaatgttttttTTGTTTTATTTTACATCTTGAATTGCAAATGTAAGTTCACAACTACAAGCAAGTTGACCATCGACAGTAGCTTTAGCATTACCTTTACCT > USA300TCH1516_ALE/2218261‑2218350 GTCAACTTGCTTGTAGTTGTGAACTTACATTTGCAATTCAAGATGTAAAATAAAACAAAAAAAA‑CATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATA < 1:3180190/91‑1GTCAACTTGCTTGTAGTTGTGAACTTACATTTGCAATTCAAGATGTAAAATAAAACAAAAAAAA‑CATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATA < 2:1875787/91‑1GTCAACTTGCTTGTAGTTGTGAACTTACATTTGCAATTCAAGATGTAAAATAAAACAAAAAAAA‑CATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATA > 1:3445656/1‑91 TCAACTTGCTTGTAGTTGTGAACTTACATTTGCAATTCAAGATGTAAAATAAAACAAAAAAAA‑CATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAA > 1:2853083/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |