| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218228 | 156 (0.770) | 14 (0.090) | 10/124 | NT | 9.9% | intergenic (+21/+38) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218242 | 135 (0.860) | intergenic (+35/+24) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2218121‑2218228‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaacattcaaagattTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTGCATCATTCGATTA < USA300TCH1516_ALE/2218242‑2218153 GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATA < 2:1745743/91‑1GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATA < 1:1638010/91‑1GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATA < 2:1600852/91‑1GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATA > 1:2211727/1‑91 ATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAA > 2:1088350/1‑91 TTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAA < 1:3015066/91‑1 TCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAAC > 2:2994302/1‑91 CTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACA > 2:244511/1‑91 CTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACA > 2:1475574/1‑91 TGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACAT > 1:2943642/1‑91 TGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACAT > 1:1517183/1‑91 TGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACAT > 2:3937388/1‑91 TGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACAT > 1:2007717/1‑91 GGTGAAGAATTAAAAATATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATT > 2:246423/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |