| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 136 (0.670) | 12 (0.070) | 7/142 | NT | 8.5% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 138 (0.760) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2236121‑2236023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGTC > USA300TCH1516_ALE/2236061‑2236150 CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA > 1:3062829/1‑91CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA > 1:3064987/1‑91CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA > 1:1559147/1‑91CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA > 1:1559581/1‑91 GTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAG > 1:3752286/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2236121‑2236023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGTC > USA300TCH1516_ALE/2236061‑2236150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |