| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 136 (0.670) | 12 (0.070) | 7/142 | NT | 8.5% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 138 (0.760) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
AATTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGT > USA300TCH1516_ALE/2235933‑2236113 | acgtcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttaa > 2:3753030‑M1/90‑91 (MQ=255) aTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAA < 1:3170468‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAA < 2:2753956‑M1/91‑1 (MQ=255) tcaaaagttcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt > 2:2414373‑M1/87‑91 (MQ=255) tcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt > 1:1943623‑M1/87‑91 (MQ=255) tcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt > 1:2918937‑M1/87‑91 (MQ=255) tATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCT < 1:2133953‑M1/91‑1 (MQ=255) caaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaatgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTg > 2:31166‑M1/86‑91 (MQ=255) caaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTg > 2:2974498‑M1/86‑91 (MQ=255) aTCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTG < 1:182485‑M1/91‑1 (MQ=255) aTCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTG < 1:1322853‑M1/91‑1 (MQ=255) tCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGT > 2:2233763‑M1/1‑91 (MQ=255) tCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGT > 2:780747‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGt > 2:493873‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGt > 2:1651790‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTc > 1:3081761‑M1/84‑91 (MQ=255) aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCT > 1:3234505‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCT < 1:1086849‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTa < 1:1561958/91‑1 (MQ=255) tATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTAc < 1:3747492/91‑1 (MQ=255) tGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTActt < 1:1135562/91‑3 (MQ=255) tGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACaa < 1:1230504/91‑1 (MQ=255) gTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAAt > 1:1059685/1‑91 (MQ=255) tATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAAtt < 1:1568372/91‑1 (MQ=255) tATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAAtt < 1:2786161/91‑1 (MQ=255) aTTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTc < 2:1668857/91‑1 (MQ=255) tgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTcc > 1:2991023‑M1/75‑91 (MQ=255) acaacaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAtt < 2:2003588/91‑1 (MQ=255) acaacaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAtt < 1:1260867/91‑1 (MQ=255) aacaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATtat > 2:1444902/1‑91 (MQ=255) caTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAg > 1:989088/1‑91 (MQ=255) aTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAATCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAgg > 2:1795358/1‑91 (MQ=255) ggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGAt > 1:2595402‑M1/65‑91 (MQ=255) ggTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGAt > 1:3560528/1‑91 (MQ=255) gacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaacgaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATg > 2:3048342‑M1/64‑91 (MQ=255) gTATTGAGTCACTTCTTTGCACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATg > 2:3460824/1‑91 (MQ=255) tATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGc < 1:2535739/91‑1 (MQ=255) cgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:1124554‑M1/62‑91 (MQ=255) cgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:2055836‑M1/62‑91 (MQ=255) cgggtggaacgattcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 2:566793‑M1/62‑91 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTgcatcctataatggaattgtag < 1:392027‑M1/91‑23 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTgcatcctataatggaattgtag < 1:923952‑M1/91‑23 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTgcatcctataatggaattgtag < 1:1739740‑M1/91‑23 (MQ=255) gtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg > 1:247038‑M1/61‑91 (MQ=255) tgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGa > 2:2008234‑M1/60‑91 (MQ=255) aGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCagaca > 2:1307381‑M2/1‑86 (MQ=255) 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cacaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACta > 1:1994390/1‑91 (MQ=255) acaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtat < 2:813932/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTatat < 1:1886163/91‑1 (MQ=255) gTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATAtt > 2:687691/1‑91 (MQ=255) gTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATAtt > 2:1065568/1‑91 (MQ=255) tCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTa > 2:344084/1‑91 (MQ=255) gTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgt < 1:888749/91‑1 (MQ=255) gTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgt < 1:2386982/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaa > 1:2742619/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaaa > 1:486418/1‑91 (MQ=255) aaGCTGTCTgcatcctataatggaattgtagacagcttttttatttataagcgtagtaagggtatatacttacgactgtgttcaaagaagt > 2:1094363‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGCTGTCTgcatcctataatggaattgtagacagcttttttatttataagcgtagtaagggtatatacttacgactgtgttcaaagaagt < 1:980609‑M1/91‑83 (MQ=255) AAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGt > 1:421956‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGt > 1:225533‑M1/1‑91 (MQ=255) | AATTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGT > USA300TCH1516_ALE/2235933‑2236113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |