| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 136 (0.670) | 12 (0.070) | 7/142 | NT | 8.5% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 138 (0.760) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGTCC > USA300TCH1516_ALE/2235971‑2236151 | tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa < 2:697591/91‑1 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa < 1:2581910/91‑1 (MQ=255) ttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAt > 1:2846833/1‑91 (MQ=255) ttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAt > 1:715320/1‑91 (MQ=255) gAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCGTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTa < 2:1607488/91‑1 (MQ=255) aaCACTGTCGTAAGTATATACCATTACTACGCTTATGAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTAc < 2:3196284/91‑1 (MQ=255) aaCACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTAc > 1:3897523/1‑91 (MQ=255) aaCACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTAc > 1:2084413/1‑91 (MQ=255) acacAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACt < 1:2285932/91‑1 (MQ=255) cacaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACta > 2:1040627/1‑91 (MQ=255) cacaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACta > 1:1994390/1‑91 (MQ=255) acaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtat < 2:813932/91‑1 (MQ=255) acaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtat < 2:341263/91‑1 (MQ=255) caGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtata < 2:2004081/91‑1 (MQ=255) gTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATAtt > 2:687560/1‑91 (MQ=255) gTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATAtt > 2:1065568/1‑91 (MQ=255) tCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTa < 1:190842/91‑1 (MQ=255) cGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAg > 1:3837830/1‑91 (MQ=255) gTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgt < 2:788169/91‑1 (MQ=255) gTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgt < 1:889358/91‑1 (MQ=255) gTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgt < 1:2386982/91‑1 (MQ=255) tAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgtt > 1:1447297/1‑91 (MQ=255) aaaGTATATAACCTTACTACGCTTATAAATAGAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCGTAACGATTACTATATTAgtt < 2:890708/90‑1 (MQ=255) aGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttgt > 1:1787936/1‑91 (MQ=255) aGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttgt > 2:338010/1‑91 (MQ=255) aGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttgt < 1:147298/91‑1 (MQ=255) atataCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGATTAACGATTACTATATTAGTTGTTTg < 2:2251455/91‑1 (MQ=255) aCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGAttt > 2:2682370/1‑91 (MQ=255) ccTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTaa > 2:581789/1‑91 (MQ=255) ttACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGa > 2:61832/1‑91 (MQ=255) actactGTTATAACTAAAGAAGCTGTCTACAATTCCATGATAGTATGCAGACAGCTTAACGCTTACTCTATGAGTTGTTTGATTTAAGAcc < 2:2465029/91‑1 (MQ=255) actacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGTTGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGAcc > 2:895977/1‑91 (MQ=255) ctacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCa < 1:1014050/91‑1 (MQ=255) ctacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCa < 2:1555550/91‑1 (MQ=255) tacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCaa < 2:536382/91‑1 (MQ=255) acGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCaaa < 1:618043/91‑1 (MQ=255) cGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAAc > 1:1336762/1‑91 (MQ=255) gCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACt > 1:1296504/1‑91 (MQ=255) cTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACtt > 1:472069/1‑91 (MQ=255) ttATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACttt < 2:236778/91‑1 (MQ=255) ttATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACttt > 2:1198895/1‑91 (MQ=255) ataaataaAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACttttt > 2:2813455/1‑91 (MQ=255) taaataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttg > 1:1351230/1‑91 (MQ=255) aaataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgt > 1:3597165/1‑91 (MQ=255) aataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgtt < 1:673612/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgttg < 2:1283297/91‑1 (MQ=255) taaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGa < 1:3590939/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaa < 1:1567231/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaa > 1:2429410/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTTaaa > 2:2287337/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaaa > 2:1696557/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaaa > 1:2754675/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAAc > 2:3448963/1‑91 (MQ=255) AAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGt > 1:225496‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGt > 1:422130‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGt > 1:3769448‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTc < 1:1844252‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTc < 2:1423204‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTc < 1:1204792‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCca < 2:3946045‑M1/91‑1 (MQ=255) GTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcac < 1:1759919‑M1/91‑1 (MQ=255) tctgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcaca > 2:2008234‑M2/33‑91 (MQ=255) TCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcaca < 2:1474189‑M1/91‑1 (MQ=255) tgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAATCGTTCCACCCg > 2:566793‑M2/31‑91 (MQ=255) tgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACg > 1:2055836‑M2/31‑91 (MQ=255) tgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACg > 1:787294‑M2/31‑91 (MQ=255) TACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACg > 1:3062829‑M1/1‑91 (MQ=255) catcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTCGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTc > 2:3048342‑M2/29‑91 (MQ=255) atcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTCTTGTTGAAACGTTCCACACGTcc > 1:2595611‑M2/28‑91 (MQ=255) aTTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCa > 1:3469377/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |