| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2241742 = | 215 (1.060) | 32 (0.180) | 14/140 | NT | 15.3% | intergenic (‑385/+81) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2241776 = | 166 (0.930) | intergenic (‑419/+47) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase | |||||
TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2241840‑2241742‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcttcttttAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTACC > USA300TCH1516_ALE/2241776‑2241864 TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTG < 1:339397/91‑1TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTG > 1:277482/1‑91TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTG > 2:2640858/1‑91TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTG > 1:1373869/1‑91TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTG > 1:3597341/1‑91 CTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGC < 2:434416/91‑1 CTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGC < 2:1534033/91‑1 TAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCT < 1:524835/91‑1 TAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCT < 2:2385238/91‑1 TAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCT < 2:1364372/91‑1 AACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTT > 1:3612517/1‑91 AACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTT < 1:1571744/91‑1 AACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTT < 1:484664/91‑1 AACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTT < 1:949219/91‑1 ACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTC < 1:459750/91‑1 ACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTC < 1:818074/91‑1 ACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTC > 2:891639/1‑91 CCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCT < 2:1624098/91‑1 CCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCT < 1:208461/91‑1 aagaCTAAAT‑ATTAATTATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAACGGTGTTTGCTACTT > 1:3562651/5‑91 aagaCTAAAT‑ATTAATTATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAACGGTGTTTGCTACTT > 1:3562650/5‑91 CGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTT < 2:1369344/91‑1 CGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTT < 2:2500489/91‑1 CGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTT < 2:3355548/91‑1 GCGCTAAATGATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTT < 1:963631/91‑1 GCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTT < 2:279066/91‑1 GCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTT < 2:279118/91‑1 GCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTT < 2:982623/91‑1 GCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTT < 2:2405236/91‑1 GCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTATAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTT < 1:3689650/91‑1 GCGCTAAATAATTAA‑TAATTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTT > 2:2267818/1‑91 CGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTT < 1:2267692/91‑1 CGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTT < 2:1876725/91‑1 CGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTACGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTT > 2:3047682/1‑91 TAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGTATATTAATTTTAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAA < 2:2130233/91‑1 TAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATAT < 2:1025020/91‑1 TTTAAGTTATTAATAGCGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATT < 1:1256296/91‑1 AAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGC > 1:358904/1‑91 AAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGC > 1:2450501/1‑91 AAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCG > 1:1183626/1‑91 AGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGG > 1:3538963/1‑91 AGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGG > 1:729463/1‑91 GAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGT > 1:1634761/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 1:1832170/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 2:2998874/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 2:2256258/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 2:303813/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 2:3344310/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 2:662788/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 2:1296541/1‑91 AAGCAGACAAAATGGTGTNTGCTNCTTNTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTT > 1:3029173/1‑91 GCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAACGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAG > 1:2216866/1‑91 GCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAG > 1:1071552/1‑91 GCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAG > 1:2917704/1‑91 CAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGA > 2:2539311/1‑91 CAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGA > 2:2085504/1‑91 AGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAA > 1:218047/1‑91 AGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAA > 1:2464493/1‑91 GACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAG > 1:3494921/1‑91 GACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAG > 1:2443322/1‑91 GACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAG > 2:355268/1‑91 GACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAG > 1:3580300/1‑91 GACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGAGGTTAGAAa > 2:3587984/1‑90 GACAAAATGGCGATAGATTCTTTTAAAATTAATATCCCAACGATAATAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTCGAAG > 2:1884422/1‑91 ATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTATATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGA > 1:3246600/1‑91 ATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGA > 1:547663/1‑91 ATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGA > 2:843091/1‑91 tGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAAC < 2:809422/90‑1 TGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTA > 1:966693/1‑91 TGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTA > 1:709619/1‑91 TGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTA > 2:2047183/1‑91 TGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTA > 2:2047119/1‑91 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTGTTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT > 1:3241565/1‑91 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 1:325601/91‑1 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 1:325730/91‑1 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 2:961044/91‑1 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 2:1539372/91‑1 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 2:1929238/91‑1 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 2:1928794/91‑1 CTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTACTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAAT < 2:372832/91‑1 TTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATT < 1:654104/91‑1 tcgTTTAAAATTGTTATCCCTACGTTATTAATAACTTAAGGACTAAATATTAATTAGTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTT < 2:3397207/88‑1 TCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTT < 1:1312826/91‑1 TCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTT < 1:2908423/91‑1 TCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTT < 1:2318480/91‑1 TCTTTTAAAATTAATATCCCCACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTT > 2:1255981/1‑91 TCTCTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTT < 1:3111372/91‑1 TTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTA < 1:1935158/91‑1 TTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTA > 2:495369/1‑91 TTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTAC > 1:1172364/1‑91 TTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTACC > 2:2641869/1‑91 TTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTACC < 2:565813/91‑1 TTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTACC < 2:565830/91‑1 TCTAACCGCGCTAAATAATTAA‑TATTTAGTCTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTTAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2241840‑2241742‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcttcttttAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTACC > USA300TCH1516_ALE/2241776‑2241864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |