New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2241742 = | 215 (1.060) | 32 (0.180) | 14/140 | NT | 15.3% | intergenic (‑385/+81) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2241776 = | 166 (0.930) | intergenic (‑419/+47) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ATTATATCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCG > USA300TCH1516_ALE/2241652‑2241832 | aTTATATCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATaaa > 2:977506/1‑91 (MQ=255) aTTATATCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATaaa < 1:3402903/91‑1 (MQ=255) tataTCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATaaaaa < 2:144825/91‑1 (MQ=255) gtaaaattaaagagttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttaaa > 1:1172364‑M1/89‑91 (MQ=255) taaaattaaagagttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttaaaa < 1:1935158‑M1/4‑1 (MQ=255) tatCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAaag > 1:1674692/1‑91 (MQ=255) ttCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAaaga < 2:3276405/90‑1 (MQ=255) atCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAaaga < 1:1281689/91‑1 (MQ=255) aaattaaagagttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAgaga < 1:3111372‑M1/6‑1 (MQ=255) aaattaaagagttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAaaga < 1:2908423‑M1/6‑1 (MQ=255) attaaagagttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAaagaag < 2:1539372‑M1/8‑1 (MQ=255) taaagagttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCa > 2:2047183‑M1/82‑91 (MQ=255) caatcaatTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCa < 1:2812552/91‑1 (MQ=255) caatcaatTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCa < 1:2452879/91‑1 (MQ=255) aatcaatTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCaa > 1:1064788/1‑91 (MQ=255) tcaatTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAac > 1:3767631/1‑91 (MQ=255) caatTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTGATACGACATAAAAAAGAAGCAAaca < 2:579596/91‑1 (MQ=255) aatTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAacac < 2:2931411/91‑1 (MQ=255) gttcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCAaacaca < 2:809422‑M1/16‑2 (MQ=255) atTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTGAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACAcc < 2:3841591/91‑1 (MQ=255) atTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTG‑TTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCa > 1:976900/1‑91 (MQ=255) ttttGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCa > 2:720749/1‑91 (MQ=255) tttGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCAt > 1:2395814/1‑91 (MQ=255) tttGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCAt > 1:2436080/1‑91 (MQ=255) tcggtacttctaaccgcgctaaataattaatatatagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCAAACACCAt > 1:3246600‑M1/74‑91 (MQ=255) tGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCAttt > 2:2169199/1‑91 (MQ=255) tGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCAttt > 2:2653905/1‑91 (MQ=255) gATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCAtttt < 2:1261674/91‑1 (MQ=255) tatatTTTACCATTTTTACTCTTTTATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGt > 2:1955724/1‑91 (MQ=255) tatatTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGt < 1:734691/91‑1 (MQ=255) tatatTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGt < 1:1719937/91‑1 (MQ=255) tttctaacctcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTc > 2:3587984‑M1/68‑91 (MQ=255) cttctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTc > 1:3580300‑M1/68‑91 (MQ=255) tatTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCt < 1:460534/91‑1 (MQ=255) tatTGTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCt < 1:3288702/91‑1 (MQ=255) ctaaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGc > 1:1071552‑M1/65‑91 (MQ=255) gttACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTGTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGct < 2:3128139/90‑1 (MQ=255) ttACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGctt < 2:472336/91‑1 (MQ=255) aaccgcgctaaataattaatatttagtctttaagttattaataacgtagggatattaattttAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGctt > 2:662788‑M1/63‑91 (MQ=255) tACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAATAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttc < 2:1592478/91‑1 (MQ=255) tACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttc < 1:3308980/91‑1 (MQ=255) aCCATTTTTCCGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttct > 1:1979140/1‑91 (MQ=255) aCCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttct < 1:2227572/91‑1 (MQ=255) aCCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttct > 1:2319052/1‑91 (MQ=255) aCCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttct < 1:699369/91‑1 (MQ=255) ccATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttctt < 1:2710970/91‑1 (MQ=255) ccATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGcttctt < 1:2111389/91‑1 (MQ=255) aTTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCtttt < 1:631519/91‑1 (MQ=255) aTTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCtttt < 2:2740885/91‑1 (MQ=255) aTTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCtttt < 1:2182631/91‑1 (MQ=255) ttttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTaa < 2:3545275/91‑1 (MQ=255) tttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTaaa < 2:198152/91‑1 (MQ=255) ttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTaaaa < 1:1338859/91‑1 (MQ=255) aCGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAAtt > 2:85697/1‑91 (MQ=255) gCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTaa < 1:3498478/91‑1 (MQ=255) gCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTaa < 1:283927/91‑1 (MQ=255) tttCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAata > 1:1494822/1‑91 (MQ=255) cATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATcc < 1:3595506/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATccc < 1:660525/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATccc < 1:542135/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAAATCAACCTGTTGTATTTATTACTCATACGACATAAAAAAGAAGCAAACTCCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATccc < 2:544503/91‑1 (MQ=255) tttAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACTACTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATACCTa > 2:2788568/1‑91 (MQ=255) ttAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCGAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTAc < 1:3426062/91‑1 (MQ=255) ttAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTAc < 1:1248466/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGtt < 2:1686419/91‑1 (MQ=255) aaTCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGtta < 2:2495156/91‑1 (MQ=255) aTCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACGTAAAAAAGAAGCGAACACCATGTTGGCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGttat < 1:3160075/91‑1 (MQ=255) cAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGttatta > 1:3003824/1‑91 (MQ=255) cAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGttatta < 2:2582615/91‑1 (MQ=255) aCTGTTTTATTTCTTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATtgata > 1:3058435/1‑91 (MQ=255) aCTGTTTTATTTATTACTTATAAAACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATtaata < 2:1873170/91‑1 (MQ=255) cTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATtaataa < 2:2101855/91‑1 (MQ=255) tGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAAc < 2:616051/91‑1 (MQ=255) gTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACt > 1:816898/1‑91 (MQ=255) gTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATAAATATCCCTACGTTATTAATAACt > 2:3676541/1‑91 (MQ=255) ttttATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACtt > 2:3767966/1‑91 (MQ=255) tttatttaTTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTa > 2:3908444/1‑91 (MQ=255) ttatttatTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAGATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTaa < 2:2292664/91‑1 (MQ=255) tatttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTaaa > 1:1002523/1‑91 (MQ=255) atttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAg > 2:1114040/1‑91 (MQ=255) tttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGa > 2:1738047/1‑91 (MQ=255) ttattaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGAc > 1:3523235/1‑91 (MQ=255) ttattaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGAc < 1:3214627/91‑1 (MQ=255) ttaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCTCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTaa < 2:2876116/91‑1 (MQ=255) ttaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTaa < 2:1725478/91‑1 (MQ=255) ttaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTaa > 2:1098490/1‑91 (MQ=255) aCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAat > 2:954327/1‑91 (MQ=255) cTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAata > 2:2447586/1‑91 (MQ=255) ataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATatta < 1:154711/91‑1 (MQ=255) ataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATatta < 1:2059207/91‑1 (MQ=255) taCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATattaa < 1:3835108/91‑1 (MQ=255) aCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAGTATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATattaat < 2:3253421/91‑1 (MQ=255) gACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATattaatta > 2:3383581/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTAttt > 1:1834018/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTAttt < 2:1914216/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTAttt < 1:2479779/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAg < 2:1213445/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGCAAGCACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAgc < 2:3293268/91‑1 (MQ=255) AAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAgcg < 1:2267692‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCGTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAgcg > 2:3047682‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTATATCACAATCAATTTTGATATATTTTACCATTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAATATTAATTATTTAGCG > USA300TCH1516_ALE/2241652‑2241832 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |