| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2241742 = | 215 (1.060) | 32 (0.180) | 14/140 | NT | 15.3% | intergenic (‑385/+81) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2241776 = | 166 (0.930) | intergenic (‑419/+47) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase | |||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TTTTTACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑ATTAATTATTTAGCGCGGTTAGAAGTACCGAACTCTTTAATTTTACCTT > USA300TCH1516_ALE/2241686‑2241866 | tttttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTa > 2:3072639/1‑91 (MQ=255)tttttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTa > 2:2787902/1‑91 (MQ=255) tttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTaaa > 1:516337/1‑91 (MQ=255) ttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTaaaa < 1:1338859/91‑1 (MQ=255) ttACGCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTaaaa > 1:3413645/1‑91 (MQ=255) gCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTaa < 2:2335881/91‑1 (MQ=255) gCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTaa < 2:2725928/91‑1 (MQ=255) gCTTTCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTaa < 1:3498596/91‑1 (MQ=255) gCTTTCATTGTAAAATCAAACTGGTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTaa < 2:3488529/91‑1 (MQ=255) tttCATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAata > 1:1494822/1‑91 (MQ=255) cATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATcc < 1:3595506/91‑1 (MQ=255) cATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATcc > 1:282415/1‑91 (MQ=255) cATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATcc < 1:1943401/91‑1 (MQ=255) cATTTTAAAATCAAACTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATcc < 1:2191109/91‑1 (MQ=255) 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cTGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATtaataa < 2:2101855/91‑1 (MQ=255) tGTTTTATTTATTACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAAc < 2:616051/91‑1 (MQ=255) tatttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTaaa > 1:1002523/1‑91 (MQ=255) tatttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTaaa < 1:176136/91‑1 (MQ=255) atttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAg > 2:1114040/1‑91 (MQ=255) atttattACTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAg > 2:1712135/1‑91 (MQ=255) ttattaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGAc < 1:3298649/91‑1 (MQ=255) ttattaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGAc < 1:3214627/91‑1 (MQ=255) ttaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCTCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTaa < 2:2876116/91‑1 (MQ=255) ttaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTaa > 2:1098490/1‑91 (MQ=255) ttaCTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTaa < 2:1726085/91‑1 (MQ=255) cTTATACGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAat‑a > 2:2447586/1‑91 (MQ=255) tataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑att > 1:2864379/1‑91 (MQ=255) atattaattttAAAAGAAGCAGACAAAATGGTGTTTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑atta < 2:1025020‑M1/80‑1 (MQ=255) ataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑atta < 1:2059207/91‑1 (MQ=255) ataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑atta < 1:637501/91‑1 (MQ=255) ataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑atta < 1:154711/91‑1 (MQ=255) ataCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑atta < 2:2085110/91‑1 (MQ=255) taCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑attaa < 1:3834632/91‑1 (MQ=255) aCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAGTATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑attaat < 2:3253421/91‑1 (MQ=255) aCGACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑attaat < 1:2262392/91‑1 (MQ=255) gACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAtaattaata < 2:2285832/91‑2 (MQ=255) gACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑attaatta > 2:3383581/1‑91 (MQ=255) cATAAAAAAGAAGCAAACACCATTTTGTCTGCTTCTTTTAAAATTAATATCCCTACGTTATTAATAACTTAAAGACTAAAT‑ATTAattatt > 1:689351/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |