| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 157 (0.770) | 23 (0.140) | 8/132 | NT | 13.7% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 161 (0.960) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA > 2:2825040/1‑91ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA > 1:2604776/1‑91ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 1:2151931/91‑1ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 1:2151094/91‑1 TAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAATGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 2:1400547/91‑1 TAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 1:930027/91‑1 TAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 2:1400618/91‑1 TAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 1:1766734/91‑1 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG > 1:3900040/1‑91 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG > 1:2108364/1‑91 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG < 2:1053480/91‑1 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG > 1:3900041/1‑91 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 2:3605695/91‑1 TTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTG < 2:690602/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:2381523/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:3827228/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:3660800/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT > 2:1821450/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:3827264/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:3828282/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 2:998598/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT > 1:2325433/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT > 1:2016642/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:1949773/91‑1 TGGATGTTGAAATCTTACTGAAGCTAATCTACAGATAAGTAGTAATAGAGATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 2:1257349/91‑1 GGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTT > 2:2060277/1‑91 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 2:3162112/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:801420/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:323052/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:801655/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG > 2:1705982/1‑91 ATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG > 1:2017514/1‑91 ATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG > 2:7652/1‑91 ATGTTTAAATCTTACCTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG > 2:9653/1‑91 GTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCT < 2:891640/91‑1 TTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGACAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAAAACATAAACGGGGATACGCCCAGAACGTGTTGGCTT > 2:3434270/1‑91 TTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTT < 2:480518/91‑1 CTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATT > 2:64422/1‑91 ATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTA > 1:1763194/1‑91 ATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTA > 1:1763432/1‑91 AATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAT > 2:2349597/1‑91 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AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:2854138/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 2:342380/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:606872/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:185031/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:1688032/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:184397/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:1838919/1‑91 ATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTT > 2:1943976/1‑91 ATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTT > 2:1944356/1‑91 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ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |