| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 157 (0.770) | 23 (0.140) | 8/132 | NT | 13.7% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 161 (0.960) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATT > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256484 | tttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA > 1:1543451‑M1/1‑91 (MQ=255)tgtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata > 1:2815980‑M1/91‑91 (MQ=255) ttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAAATCAAA < 2:3400248‑M1/91‑1 (MQ=255) gtttataggtatgcaaacatcagtagataaaaataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataa < 2:3952214‑M1/2‑1 (MQ=255) tttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataaa > 2:3446774‑M1/89‑91 (MQ=255) acacAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAA > 2:2414342‑M1/1‑91 (MQ=255) tataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAg < 2:1474653‑M1/5‑1 (MQ=255) cacaAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAG < 2:2044513‑M1/91‑1 (MQ=255) cacaAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAG < 1:354123‑M1/91‑1 (MQ=255) caAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCC < 1:2438564‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 2:1273486‑M1/1‑91 (MQ=255) gtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAac > 2:2548440‑M1/82‑91 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 1:3106127‑M1/91‑1 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 2:2122424‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACA < 2:1550923‑M1/91‑1 (MQ=255) tatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAaca < 1:1332552‑M1/11‑1 (MQ=255) gatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACAC < 1:2582035‑M1/91‑1 (MQ=255) atgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAacac < 2:5609‑M1/12‑1 (MQ=255) atgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTC‑AAAAGCCAACACAT > 1:2171681‑M1/1‑91 (MQ=255) tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 2:1740164‑M1/1‑91 (MQ=255) gcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACAt > 2:897975‑M1/78‑91 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTCATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 2:1145612/1‑91 (MQ=255) 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tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa > 2:3691620/1‑91 (MQ=255) ttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTAt > 1:341663/1‑91 (MQ=255) ttAGAAATCGCAAAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCACAAAGCCAACACATTCTGGGCGTAt > 2:3608316/1‑91 (MQ=255) aGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcc < 2:2812426/91‑1 (MQ=255) aaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCa < 1:869872/91‑1 (MQ=255) aacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAt > 2:1944356‑M1/61‑91 (MQ=255) aTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAt < 2:1495864/91‑1 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccag < 1:1595949‑M1/91‑19 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 2:12447/1‑91 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:7213‑M1/60‑91 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:185031‑M1/60‑91 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:1688032‑M1/60‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:2934566‑M1/59‑91 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaa < 2:1795533‑M1/91‑21 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaa < 1:1005502‑M1/91‑21 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:1222181‑M2/1‑90 (MQ=255) cAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaat < 2:1917512‑M1/91‑22 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatg < 1:635073‑M1/91‑23 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 2:84135‑M1/56‑91 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 1:202297‑M1/56‑91 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgt < 1:597744‑M1/91‑24 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt > 1:3263539‑M2/1‑87 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg > 1:1774532‑M2/1‑86 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAAGGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg > 2:1769753‑M2/1‑86 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |