| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2263788 = | 241 (1.180) | 24 (0.150) | 10/130 | NT | 11.5% | intergenic (+8/‑258) | czcD_2/USA300HOU_RS11590 | Cadmium, cobalt and zinc/H(+)‑K(+) antiporter/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2263834 = | 174 (1.050) | intergenic (+54/‑212) | czcD_2/USA300HOU_RS11590 | Cadmium, cobalt and zinc/H(+)‑K(+) antiporter/hypothetical protein | |||||
AATTTGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2263892‑2263788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caatggcagtaggttTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCATATT > USA300TCH1516_ALE/2263834‑2263923 AATTTGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGC < 1:3325606/91‑1AATTTGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGC < 1:420170/91‑1 TTTGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAA < 2:3191822/91‑1 TTGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAAT > 1:2667009/1‑91 TGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATG > 2:2999672/1‑91 GTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGG > 1:1293977/1‑91 TTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGC > 1:1830836/1‑91 TTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGC < 1:43087/91‑1 TTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGC > 2:1969061/1‑91 TAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCA > 1:3953267/1‑91 TAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCA > 1:415158/1‑91 TAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCA < 2:1108745/91‑1 ATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGT < 2:3552995/91‑1 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG < 2:2744067/91‑1 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG < 1:3499471/91‑1 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG < 1:2403893/91‑1 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG > 1:3623303/1‑91 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG < 1:1946437/91‑1 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG < 1:1591244/91‑1 AACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGG < 1:1457225/91‑1 CTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTT > 1:2172766/1‑91 TGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTA > 2:1524200/1‑91 TGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTA > 2:1523794/1‑91 ATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAA > 1:1477739/1‑91 TTGAAAAGTTTAATCTATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTCTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAA > 1:3372936/1‑91 TGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAAT > 2:611194/1‑91 TGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAAT > 2:3042274/1‑91 GAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATT > 2:1391472/1‑91 GAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATT > 1:58729/1‑91 GAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATT > 1:3066671/1‑91 AAAAGTTTAATTGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTT > 1:3129682/1‑91 AAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTT > 2:3831034/1‑91 AAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTT > 1:472428/1‑91 AAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTT > 1:472369/1‑91 AAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTT > 1:2582488/1‑91 AAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTT > 1:428319/1‑91 AAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTT > 1:3495982/1‑91 AAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTT > 1:351308/1‑91 AAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTC > 1:2497328/1‑91 AAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTC > 1:2148825/1‑91 AAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTC > 1:2497045/1‑91 AAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTC > 1:2497352/1‑91 AAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTC > 1:2497480/1‑91 AGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCA > 2:864621/1‑91 CAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTT > 2:2401574/1‑91 CAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTT > 2:2150685/1‑91 CAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTT > 1:689990/1‑91 AATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTA > 1:2354360/1‑91 ATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTAC < 1:1069591/91‑1 ATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTAC > 2:2255035/1‑91 ATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTCTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTAC > 1:3333619/1‑91 ATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTATGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTAC > 1:3333603/1‑91 GGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACAT > 2:2740518/1‑91 GGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACAT > 2:2740516/1‑91 GGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACAT > 2:1970905/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 1:3192217/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 2:3806987/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 2:3806965/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 1:31662/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 2:3061050/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 1:2043312/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 1:289303/1‑91 GCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTGTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATT > 1:3420841/1‑91 CAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTA < 1:386191/91‑1 CAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTA < 1:386330/91‑1 CAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTA > 1:941684/1‑91 CAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTA > 1:3074465/1‑91 AGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAG > 1:1240091/1‑91 AGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAG < 2:2257647/91‑1 AGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAG < 2:2633334/91‑1 AGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAG < 2:3045157/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTTTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT > 1:3379230/1‑91 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:2104820/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:1083301/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT > 2:3619172/1‑91 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:2799531/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:2105109/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 1:3728206/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:1776085/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:2496233/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 1:3728587/91‑1 GTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:196582/91‑1 GTAGGTTGTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGT < 2:3274158/91‑1 TAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTC > 2:3303634/1‑91 TAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTC < 1:3701471/91‑1 TAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTC > 1:2128441/1‑91 TAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTC > 1:1439440/1‑91 AGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCA > 2:3775641/1‑91 AGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCA > 1:1704102/1‑91 GTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCATA > 1:1400603/1‑91 GTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCATA > 1:1399917/1‑91 TTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCATATT < 2:1516118/91‑1 TTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCATATT < 1:3007256/91‑1 AATTTGTTAATAAACATTGCATCATCAAAGACCAAACAAGTCGCCATAAAGACATAAAAAACCTACTGCCATTGAAAAGTTTAATCGATGCAATGGCAGTAGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2263892‑2263788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caatggcagtaggttTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAATGTTTATTAACAAATTTTCAACTATTATTTCTTACATTAGTCATATT > USA300TCH1516_ALE/2263834‑2263923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |