| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2263788 = | 241 (1.180) | 24 (0.150) | 10/130 | NT | 11.5% | intergenic (+8/‑258) | czcD_2/USA300HOU_RS11590 | Cadmium, cobalt and zinc/H(+)‑K(+) antiporter/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2263834 = | 174 (1.050) | intergenic (+54/‑212) | czcD_2/USA300HOU_RS11590 | Cadmium, cobalt and zinc/H(+)‑K(+) antiporter/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
ACATGATGAATCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCAGTAGGTTTTTTATGTCTTTATGGCGACTTGTTTGGTCTTTGATGATGCAA > USA300TCH1516_ALE/2263699‑2263876 | acttgatgaATCGATTATATGTTCTGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTaa < 2:2305152/88‑1 (MQ=255) tatgactaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAAc > 1:1399917‑M1/89‑91 (MQ=255) atgatgAATCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTCCATTAATAATTTTAAcc > 1:2621188/1‑91 (MQ=255) atgatgAATCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAAcc > 1:128939/1‑91 (MQ=255) tgatgaATCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCt < 1:2953736/91‑1 (MQ=255) tgatgaATCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCt > 1:3857639/1‑91 (MQ=255) tgatgaATCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCt < 2:189497/91‑1 (MQ=255) tgactaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCt > 2:3775641‑M1/87‑91 (MQ=255) gactaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTa > 2:3303634‑M1/86‑91 (MQ=255) actaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaacAACCTAc < 2:3274158‑M1/7‑1 (MQ=255) actaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTAc > 2:3619172‑M1/85‑91 (MQ=255) actaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTAc < 2:1083301‑M1/7‑1 (MQ=255) actaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTAc < 1:3728587‑M1/7‑1 (MQ=255) actaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTAc < 2:196582‑M1/7‑1 (MQ=255) actaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaaaacataaaaAACCTAc > 1:3379230‑M1/85‑91 (MQ=255) ctaatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACt > 1:1240091‑M1/84‑91 (MQ=255) taatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTg > 1:941684‑M1/83‑91 (MQ=255) aatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcacagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGc > 1:3420841‑M1/82‑91 (MQ=255) aatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGc > 1:3192217‑M1/82‑91 (MQ=255) aatgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGc > 2:3806987‑M1/82‑91 (MQ=255) aaTCGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGc > 2:2588358/1‑91 (MQ=255) atgtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGcc > 2:2740518‑M1/81‑91 (MQ=255) gtaagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccatacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCAt > 1:3333603‑M1/79‑91 (MQ=255) cGATTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCAt < 2:2555216/91‑1 (MQ=255) taagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCAtt > 1:2354360‑M1/78‑91 (MQ=255) aagaaataatagttgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTg > 2:2401574‑M1/77‑91 (MQ=255) aTTATATGTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTg < 1:2781024/91‑1 (MQ=255) gTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCGTCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGAt < 1:3680114/91‑1 (MQ=255) gTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGAt < 1:267293/91‑1 (MQ=255) gTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGAt < 1:3011090/91‑1 (MQ=255) gTTCAGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGACATTGCATCGAt < 1:3032966/91‑1 (MQ=255) aGGAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTaaa < 2:1762156/91‑1 (MQ=255) tgaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACt > 2:864621‑M1/64‑91 (MQ=255) gAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACt < 2:2945035/91‑1 (MQ=255) gAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACt > 1:856020/1‑91 (MQ=255) gAACACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACt > 1:714011/1‑91 (MQ=255) gaaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACtt > 1:2497480‑M1/63‑91 (MQ=255) aaCACATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACtt > 1:1852300/1‑91 (MQ=255) acacATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACttt < 2:2841398/91‑1 (MQ=255) acacATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACttt < 2:1141105/91‑1 (MQ=255) acacATAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACttt < 1:1910628/91‑1 (MQ=255) aaaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACttt > 1:351308‑M1/62‑91 (MQ=255) cacaTAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACtttt > 2:1391534/1‑91 (MQ=255) aaatttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTGCATCAATTAAACtttt > 1:3129682‑M1/61‑91 (MQ=255) acaTAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTc > 2:2156025/1‑91 (MQ=255) atttgttaataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCa > 2:3042274‑M1/59‑91 (MQ=255) aTAGTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCaa > 2:939058/1‑91 (MQ=255) gTCATTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATgg > 1:17087/1‑91 (MQ=255) taataaacattgcatcatcaaagaccaaacaagtcgccataaagacataaaaAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCa > 2:1523794‑M1/53‑91 (MQ=255) aTTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCAg > 2:3363840/1‑91 (MQ=255) aTTCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCAg > 1:1775424/1‑91 (MQ=255) ttCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCAGt > 1:2038621/1‑91 (MQ=255) ttCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCAGt > 2:2261660/1‑91 (MQ=255) ttCACATAACCATCATGCTCATCATCACGCGCATGTACATTAATAATTTTAACCTACTGCCATTGCATCGATTAAACTTTTCAATGGCAGt < 2:2229981/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |