| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306141 = | 187 (0.920) | 22 (0.140) | 12/126 | NT | 14.2% | intergenic (+7/+125) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2306185 = | 120 (0.750) | intergenic (+51/+81) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2306247‑2306141‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAA > USA300TCH1516_ALE/2306185‑2306274 AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 2:39719/1‑91AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 2:3704657/1‑91AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 1:698321/1‑91AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGCGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 2:3486100/1‑91AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCCGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 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USA300TCH1516_ALE/2306185‑2306274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |