| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306141 = | 187 (0.920) | 22 (0.140) | 12/126 | NT | 14.2% | intergenic (+7/+125) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2306185 = | 120 (0.750) | intergenic (+51/+81) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCC > USA300TCH1516_ALE/2306051‑2306231 | ttgttataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatt > 1:3645542‑M1/91‑91 (MQ=255)cgcgTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGtat < 1:1416000/91‑1 (MQ=255)cgcgTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGgat < 2:510027/91‑1 (MQ=255) gcgTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGtata > 1:3927115/1‑91 (MQ=255) gttataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaa > 1:2615849‑M1/89‑91 (MQ=255) gttataaatatatgtgaaaaaggaaaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaa < 2:16844‑M1/3‑1 (MQ=255) gTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaa > 1:2545514/1‑91 (MQ=255) gTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaa < 1:1943257/91‑1 (MQ=255) attatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaaaaa < 2:108405/91‑1 (MQ=255) attatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaaaaa > 1:2693398/1‑91 (MQ=255) aaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccgtttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaaaaa < 2:3469217‑M1/8‑1 (MQ=255) aatttatgtgaaaaaggaccactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAt < 2:3454229‑M1/9‑1 (MQ=255) aatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAt < 1:2674133‑M1/9‑1 (MQ=255) atatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtc < 1:811067‑M1/10‑1 (MQ=255) cGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcat > 2:656094/1‑91 (MQ=255) cGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcat > 1:3241992/1‑91 (MQ=255) atatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcat < 1:955186‑M1/12‑1 (MQ=255) tatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcatt < 2:2941215‑M1/13‑1 (MQ=255) gATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcatt < 2:1853808/91‑1 (MQ=255) aTACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcattc < 2:2516122/91‑1 (MQ=255) tACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcattca < 2:3200070/91‑1 (MQ=255) tACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcattca < 1:1277066/91‑1 (MQ=255) gtgaaataggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcattcat > 2:3147767‑M1/76‑91 (MQ=255) aCTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAtcattcat < 2:1538523/91‑1 (MQ=255) gtGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAAGGAGCAAAAAGTTTACAATGAATGAACTAATTAAATTGGATAAAAAAAtcatccagg < 2:2249524/90‑3 (MQ=255) gAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGt > 1:2997436/1‑91 (MQ=255) aaGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTg < 2:2607829/91‑1 (MQ=255) aaGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTGTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTg < 2:74995/91‑1 (MQ=255) aGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGa < 2:1231950/91‑1 (MQ=255) aGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGa < 1:693971/91‑1 (MQ=255) aGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGa < 1:1524456/91‑1 (MQ=255) aCCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAgg > 1:3457722/1‑91 (MQ=255) aCCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAgg < 1:2036014/91‑1 (MQ=255) cACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGc < 2:2643507/91‑1 (MQ=255) cACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGc < 2:2375835/91‑1 (MQ=255) cACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAAAAAAAAGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGc < 2:1180248/91‑1 (MQ=255) aCGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCt < 1:3209326/91‑1 (MQ=255) cGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCtt > 2:1013741/1‑91 (MQ=255) cGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGAGAGGGCtt > 2:3720115/1‑91 (MQ=255) gAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTc < 1:1888654/91‑1 (MQ=255) tACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatg < 1:2717563/91‑1 (MQ=255) gttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatga > 1:494713‑M1/60‑91 (MQ=255) aCATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatga < 1:2710223/91‑1 (MQ=255) ttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaa > 1:3378638‑M1/59‑91 (MQ=255) ttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaa > 1:2796093‑M1/59‑91 (MQ=255) taatattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaat > 1:3114241‑M1/58‑91 (MQ=255) tatttatACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatga > 1:100499/1‑91 (MQ=255) aaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatga > 1:3725839‑M1/56‑91 (MQ=255) aaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatga > 1:3043371‑M1/56‑91 (MQ=255) aattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAt > 2:496476‑M1/55‑91 (MQ=255) ataCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttttt < 1:577208/91‑1 (MQ=255) ataCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttttt < 2:2837433/91‑1 (MQ=255) taCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAtttttt < 1:1549512/91‑1 (MQ=255) aCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttttttt > 1:44780/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttttttt < 1:1360063/91‑1 (MQ=255) cAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAt < 2:332169/91‑1 (MQ=255) aaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTTACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGa < 2:3408960/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCaa < 2:212664/91‑1 (MQ=255) gTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCTAg > 2:2381024/1‑91 (MQ=255) gTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAg < 1:215793/91‑1 (MQ=255) tttACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGc > 2:8276/1‑91 (MQ=255) ttACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCa < 1:3801635/91‑1 (MQ=255) tACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAt < 2:3235365/91‑1 (MQ=255) tACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAt > 2:3857591/1‑91 (MQ=255) tACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAt < 2:2852226/91‑1 (MQ=255) acacTGCATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGTGGGCTTCATGAGTGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATa > 2:708567/1‑91 (MQ=255) aCAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATa > 2:2141792/1‑91 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaa > 2:1897468/1‑91 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaa > 1:294657/1‑91 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaa < 2:2638513/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaaa > 1:1728024/1‑91 (MQ=255) tGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACa < 1:3133544/91‑1 (MQ=255) tGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACa < 1:3064792/91‑1 (MQ=255) tGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACa < 2:2693398/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTAAATAAAATGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTCTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACaaa > 1:3367597/1‑91 (MQ=255) aTTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAAt > 2:3564458/1‑91 (MQ=255) aTTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAACATAAACAAAt < 2:662764/91‑1 (MQ=255) ttAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATa < 1:1131194/91‑1 (MQ=255) aaCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACa < 1:3866413/91‑1 (MQ=255) aaCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACa < 1:1990639/91‑1 (MQ=255) aCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa < 1:1858996/91‑1 (MQ=255) aCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa > 1:22892/1‑91 (MQ=255) aaataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAg < 2:966025/91‑1 (MQ=255) aaataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAg < 2:1734445/91‑1 (MQ=255) aataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAgg < 1:3308974/91‑1 (MQ=255) ataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGa < 2:1420778/91‑1 (MQ=255) aaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACa < 1:2906834/91‑1 (MQ=255) aaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGA‑TTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACaa < 2:1494842/91‑1 (MQ=255) atTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAAc > 1:2144406/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGTGCGGCCTTCATGAATGATTCTCTTAATTGATTCCACACCCAGCATAACCAAATACACAAGGACAACTgc > 2:1663738/1‑90 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt > 2:3732155/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGAGAGGGCTTCATGAATAATTTTTGTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt < 2:1278641/91‑1 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGATGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACGCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt < 2:3025901/91‑1 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt > 1:353238/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt > 2:2894986/1‑91 (MQ=255) ataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTc < 1:2783345/91‑1 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACtgttaa > 1:2973709‑M1/1‑89 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc > 2:3031575‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc > 1:1615641‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc < 1:1195097‑M1/91‑1 (MQ=255) | CGCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCC > USA300TCH1516_ALE/2306051‑2306231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |