| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306141 = | 187 (0.920) | 22 (0.140) | 12/126 | NT | 14.2% | intergenic (+7/+125) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2306185 = | 120 (0.750) | intergenic (+51/+81) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAA > USA300TCH1516_ALE/2306096‑2306275 | cgaaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAt < 2:698909/89‑1 (MQ=255)cAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAt > 1:562991/1‑91 (MQ=255) aTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAAATGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAt < 2:2469904/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCa > 2:2984381/1‑91 (MQ=255) aaaaGTTTACAATTAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAACATCATTCAGGGTGCGGGCTTCATGAATGGTTTTTTTAATTGATTCAacac < 2:497951/91‑1 (MQ=255) aaaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAacac < 1:123576/91‑1 (MQ=255) aaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCCTGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAGTTGATTCAACAcc > 1:3950696/1‑91 (MQ=255) aaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACAccc < 1:2815757/91‑1 (MQ=255) ttACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCa < 1:306086/91‑1 (MQ=255) tACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAt > 2:3857591/1‑91 (MQ=255) tACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAt < 2:2852226/91‑1 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaa > 1:294657/1‑91 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaa < 2:2638513/91‑1 (MQ=255) tGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACa < 2:3255317/91‑1 (MQ=255) 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aCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa > 1:1025036/1‑91 (MQ=255) aCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa > 1:22892/1‑91 (MQ=255) aaataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAg < 2:1734445/91‑1 (MQ=255) ataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACCAAAGGa > 2:1959928/1‑91 (MQ=255) ataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGa < 1:2063516/91‑1 (MQ=255) taaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 2:1539805/91‑1 (MQ=255) taaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc > 1:1707868/1‑91 (MQ=255) aaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGA‑TTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACaa < 2:1494925/91‑1 (MQ=255) aatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACaa > 2:746569/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt > 1:274927/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt > 2:3732155/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGAGAGGGCTTCATGAATAATTTTTGTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt < 2:1278641/91‑1 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt > 1:353238/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGA‑TTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTc > 2:2804893/1‑91 (MQ=255) ataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTc < 1:2783345/91‑1 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACtgttaa > 1:2973709‑M1/1‑89 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc > 1:943622‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc < 1:1195097‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc > 1:1615641‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATAGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc > 2:3031140‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaaatcattcatgaagccctcaccatgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGCCAACTGTTccc > 2:2916853‑M2/44‑91 (MQ=255) AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTccc > 1:3439149‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCa > 1:1952499‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaatcattcatgaagccctcaccatgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTCTTCCCAt > 2:3519304‑M2/42‑91 (MQ=255) AAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCAt < 1:1103857‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCAt > 1:1427374‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCAt < 2:425644‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATa > 2:3881274‑M1/1‑91 (MQ=255) aatcattcatgaagccctcaccatgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAt > 1:3818266‑M2/39‑91 (MQ=255) aatcattcatgaagccctcaccatgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAt > 1:438313‑M2/39‑91 (MQ=255) atcattcatgaagccctcaccatgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAtt > 2:2353821‑M2/38‑91 (MQ=255) ATCATACATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAtt > 2:3651221‑M1/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |