| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2326404 = | 167 (0.820) | 14 (0.080) | 9/146 | NT | 8.8% | intergenic (‑149/+117) | USA300HOU_RS11860/lacG | hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2326426 = | 139 (0.750) | intergenic (‑171/+95) | USA300HOU_RS11860/lacG | hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase | |||||
ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2326500‑2326404‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATAT > USA300TCH1516_ALE/2326426‑2326514 ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATTG‑GTGACACAC < 2:350876/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 1:1110496/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 2:395488/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 1:1348570/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 1:581535/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 1:648281/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 2:1499823/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC > 1:2643470/1‑91 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC > 1:2171324/1‑91 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC > 1:269895/1‑91 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC > 1:2171460/1‑91 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC < 1:2009988/91‑1 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC < 1:2009147/91‑1 CAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCA < 2:2432304/91‑1 CAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCA < 1:459172/91‑1 CAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCA < 1:3826913/91‑1 gGTCGAGGGCGGGTAGGTCTTTATGTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT < 2:3705581/90‑1 AGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT < 1:1126578/91‑1 AGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT < 2:3374636/91‑1 AGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT < 2:3705561/91‑1 AGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT > 1:3919210/1‑91 AGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT < 1:1371458/91‑1 GTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATT < 2:1863282/91‑1 GTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATT < 1:631827/91‑1 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG > 2:2597477/1‑91 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG > 2:2597437/1‑91 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG > 2:1660188/1‑91 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG < 1:2744124/91‑1 TCGAGTGCGGGTAGGTCTTTAGTTATAGAAAGAGGTAAATTAAACATGCAGATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG < 2:3258537/91‑1 CGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAGGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACAGACCATTGA > 2:3434644/1‑91 CGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAACTTAAACATACATATACATATTCAGATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA > 1:3163760/1‑91 TGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAA < 1:3938067/91‑1 TGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAA > 1:872991/1‑91 CTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATA < 2:577727/91‑1 CTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATA < 1:1558800/91‑1 ATAGACAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGC < 2:3648606/91‑1 AAGGGATAAATGAAACATGCATATGCATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTGAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTT < 2:3196320/91‑1 ATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACT > 1:840130/1‑91 ATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACT > 1:840063/1‑91 ATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACT > 2:2002087/1‑91 TGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTG > 1:1610293/1‑91 GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACGCGACTGATA > 1:3790054/1‑91 TGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAG > 2:1013878/1‑91 TGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAG > 1:3559485/1‑91 GACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGG > 1:316030/1‑91 GACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGG > 1:316031/1‑91 GACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGCTTCATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACCCGACTGATAGG > 2:3101363/1‑91 cacgCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAAGAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCT < 2:2948055/87‑1 CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTT > 1:2743792/1‑91 ATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAA < 1:983380/91‑1 TTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAAT < 1:1184255/91‑1 TTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAAT > 2:887719/1‑91 GATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGAGCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATAT > 1:3502065/1‑91 GATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATAT > 1:167966/1‑91 GATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATAT > 1:3317961/1‑91 ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2326500‑2326404‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATAT > USA300TCH1516_ALE/2326426‑2326514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |