BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	2326404 =	167 (0.820)	14 (0.080)	9/146	NT	8.8%	intergenic (‑149/+117)	USA300HOU_RS11860/lacG	hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase
*	?	USA300TCH1516_ALE	2326426 =	139 (0.750)	14 (0.080)	9/146	NT	8.8%	intergenic (‑171/+95)	USA300HOU_RS11860/lacG	hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

CTTTAGTTGATTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCG  >  USA300TCH1516_ALE/2326314‑2326494

 tttAGTTGATTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTc                                                                                            >  1:360870/1‑91 (MQ=255)

 atattaaaaggcctatcagtcgagtgctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaaTc                                                                                            >  1:3317961‑M1/90‑91 (MQ=255)

 atattaaaaggcctatcagtcgagtgctggtagctctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaaTc                                                                                            >  1:3502065‑M1/90‑91 (MQ=255)

  ttAGTTGATTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCa                                                                                           <  1:1810572/91‑1 (MQ=255)

   attaaaaggcctatcagtcgagtgctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaaTCaa                                                                                          <  1:1184255‑M1/4‑1 (MQ=255)

    ttaaaaggcctatcagtcgagtgctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaaTCAAt                                                                                         <  1:983380‑M1/5‑1 (MQ=255)

      ttGATTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATgg                                                                                       <  2:3036847/91‑1 (MQ=255)

       tGATTTTGCATACATCATTAACTTTGAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAGCCGACTGCTTCTTTAGCTCCCAATCgt                                                                                      >  2:363487/1‑91 (MQ=255)

       tGATTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGgt                                                                                      >  2:3835201/1‑91 (MQ=255)

         aTTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGgtgt                                                                                    <  1:1366762/91‑1 (MQ=255)

         aTTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGgtgt                                                                                    >  2:192722/1‑91 (MQ=255)

          ttttGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGgtgtg                                                                                   >  1:1116410/1‑91 (MQ=255)

          tattGAGTACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAGTGTTGTCCGTTAGCGTTTGTGGTTTGCGTGCTTCTGTAGCTTTCAATGgtgtg                                                                                   <  2:1439284/89‑1 (MQ=255)

             tGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCa                                                                                <  1:1009835/91‑1 (MQ=255)

             tGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCa                                                                                <  1:3141313/91‑1 (MQ=255)

             tGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCa                                                                                <  1:1219992/91‑1 (MQ=255)

              gAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAc                                                                               <  1:225082/91‑1 (MQ=255)

               aaTACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAc‑c                                                                             <  2:711547/91‑1 (MQ=255)

               aaTACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAc‑c                                                                             >  1:1831920/1‑91 (MQ=255)

                aTACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAc‑cc                                                                            <  2:3587797/91‑1 (MQ=255)

                  agtcgagtgctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaaTCAATGGTGTGTCAC‑CCAt                                                                          >  1:840130‑M1/73‑91 (MQ=255)

                  agtcgagtgctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaaTCAATGGTGTGTCAC‑CCAt                                                                          >  2:2002087‑M1/73‑91 (MQ=255)

                  aCATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCAt                                                                          >  1:928412/1‑91 (MQ=255)

                   catcatTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCAtt                                                                         <  1:2731736/91‑1 (MQ=255)

                   catcatTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCAtt                                                                         <  2:2951784/91‑1 (MQ=255)

                       atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                     >  2:2685345/1‑91 (MQ=255)

                       atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                     <  1:668072/91‑1 (MQ=255)

                       atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                     >  2:506852/1‑91 (MQ=255)

                       atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                     >  1:3117262/1‑91 (MQ=255)

                         tAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTaa                                                                   <  2:3525490/91‑1 (MQ=255)

                         tAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATCGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTaa                                                                   >  2:3696660/1‑91 (MQ=255)

                           aCTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAata                                                                 <  1:2756058/91‑1 (MQ=255)

                           aCTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAata                                                                 <  1:45307/91‑1 (MQ=255)

                            cTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatat                                                                >  2:3739325/1‑91 (MQ=255)

                            cTTTTAAGAAGACGTTGGAAAGTCGTCCGTTAGCGTTTGTTACTTGAGTGCTTCTCTGGCTTTCAATGGTGTGCCAC‑CGATTGATTAatat                                                                <  2:2611410/91‑1 (MQ=255)

                             ttttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatata                                                               <  2:1993893/91‑1 (MQ=255)

                             ttttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatata                                                               <  2:1516701/91‑1 (MQ=255)

                              tttAAGATGTCTTTGGAAAGTTGTCCGTTACCGTTTGGTCATTCTTTCGATCTTTATCTGTAAATGGTGTGTCCC‑CCATTGATTAatatat                                                              <  2:1296051/91‑1 (MQ=255)

                                 aaGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATaaa                                                           <  2:1217404/91‑1 (MQ=255)

                                 aaGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATaaa                                                           <  2:1678727/91‑1 (MQ=255)

                                 aaGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATaaa                                                           <  1:2676632/91‑1 (MQ=255)

                                   gATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAata                                                         >  1:3801880/1‑91 (MQ=255)

                                   gATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAata                                                         >  2:1677975/1‑91 (MQ=255)

                                     tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg                                                       <  1:3769146/91‑1 (MQ=255)

                                     tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg                                                       <  2:188103/91‑1 (MQ=255)

                                     tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg                                                       <  2:270185/91‑1 (MQ=255)

                                     tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg                                                       <  2:3680431/91‑1 (MQ=255)

                                      gACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATGTATAAATATGt                                                      >  2:3956526/1‑91 (MQ=255)

                                       aCTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGta                                                     >  2:1725217/1‑91 (MQ=255)

                                        cTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTGGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGtat                                                    <  1:3666576/91‑1 (MQ=255)

                                         tttGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGtata                                                   <  1:918216/91‑1 (MQ=255)

                                           tGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATg                                                 <  2:1805057/91‑1 (MQ=255)

                                            ggAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGc                                                >  1:1066149/1‑91 (MQ=255)

                                             gAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTGGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCa                                               >  1:695588/1‑91 (MQ=255)

                                             gAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGcc                                               >  2:2347879/1‑90 (MQ=255)

                                                aGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGt                                            <  1:163023/91‑1 (MQ=255)

                                                 gTTGTCCGTTAACGTTTGTTAACTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATAGAAATATGTATATGCATGtt                                           <  2:3001116/91‑1 (MQ=255)

                                                     gccGTTAGCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAt                                       <  2:1225368/90‑1 (MQ=255)

                                                      ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAtt                                      <  2:3179588/91‑1 (MQ=255)

                                                      ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAtt                                      <  1:2972500/91‑1 (MQ=255)

                                                       cGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATAAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAttt                                     >  1:3369741/1‑91 (MQ=255)

                                                        gTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTa                                    <  1:608749/91‑1 (MQ=255)

                                                        gTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTa                                    >  1:429370/1‑91 (MQ=255)

                                                          tAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATCTCAATATGTATATGCCTGTTTAATTTAtc                                  >  2:1234600/1‑91 (MQ=255)

                                                           aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                 >  1:2927920/1‑91 (MQ=255)

                                                           aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                 >  1:709793/1‑91 (MQ=255)

                                                           aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                 >  2:2890637/1‑91 (MQ=255)

                                                             cGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATctct                               <  1:3294183/91‑1 (MQ=255)

                                                              gTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCtt                              <  1:2452443/91‑1 (MQ=255)

                                                               gttGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCttt                             >  2:332455/2‑91 (MQ=255)

                                                                  gTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCta                          <  1:3735227/91‑1 (MQ=255)

                                                                  gTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCta                          <  2:2052452/91‑1 (MQ=255)

                                                                    tAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCtata                        <  1:2125145/91‑1 (MQ=255)

                                                                        tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTatagata                    >  1:3560125/1‑91 (MQ=255)

                                                                        tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaata                    >  2:833302/1‑91 (MQ=255)

                                                                         gattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaataa                   >  1:1771487/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg                 <  1:191363/91‑1 (MQ=255)

                                                                           ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg                 >  1:1471103/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg                 <  1:192803/91‑1 (MQ=255)

                                                                            tgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGa                >  2:279061/1‑91 (MQ=255)

                                                                            tgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGa                >  2:2262054/1‑91 (MQ=255)

                                                                             gCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGAc               >  1:2365816/1‑91 (MQ=255)

                                                                                tcttTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTa            >  1:3274892/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  tttAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTAcc          <  2:631730/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  tttAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATAGATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTAcc          <  2:3907479/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tattaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAg        <  1:1558800‑M1/85‑1 (MQ=255)

                                                                                    tAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAg        <  2:1237269/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     aGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGc       >  1:3712446/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      ttaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCa      <  1:3938067‑M1/87‑1 (MQ=255)

                                                                                      gCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCa      >  1:2861909/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc     >  1:3126935/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc     <  2:1056997/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc     >  2:3469880/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc     >  1:3872484/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt    <  2:1328221/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt    <  2:1585101/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt    >  2:585909/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt    <  2:2155421/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          TCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATCTGAATATGTATATGTATGTTTAAGTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCg  >  1:3163760‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          TCAATGGTCTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCCTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCg  >  2:3434644‑M1/1‑91 (MQ=255)

CTTTAGTTGATTTTGAATACATCATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCG  >  USA300TCH1516_ALE/2326314‑2326494

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.