BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	2326404 =	167 (0.820)	14 (0.080)	9/146	NT	8.8%	intergenic (‑149/+117)	USA300HOU_RS11860/lacG	hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase
*	?	USA300TCH1516_ALE	2326426 =	139 (0.750)	14 (0.080)	9/146	NT	8.8%	intergenic (‑171/+95)	USA300HOU_RS11860/lacG	hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase

Only 100 of 234 total aligned reads displayed.

ATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCT  >  USA300TCH1516_ALE/2326337‑2326516

atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                                           >  2:506852/1‑91 (MQ=255)

atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                                           >  2:2685345/1‑91 (MQ=255)

atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                                           <  2:1520991/91‑1 (MQ=255)

atTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAtt                                                                                           <  1:668202/91‑1 (MQ=255)

  tAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATCGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTaa                                                                                         >  2:3696660/1‑91 (MQ=255)

   tgctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatgggtgacacaccattgaTTaa                                                                                         >  1:872991‑M2/88‑91 (MQ=255)

     ctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatggtgtgtcacccattgaTTAata                                                                                       <  1:1558800‑M2/6‑1 (MQ=255)

     cTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatat                                                                                      >  2:1876136/1‑91 (MQ=255)

     cTTTTAAGAAGACGTTGGAAAGTCGTCCGTTAGCGTTTGTTACTTGAGTGCTTCTCTGGCTTTCAATGGTGTGCCAC‑CGATTGATTAatat                                                                                      <  2:2611410/91‑1 (MQ=255)

      ttttCAGACGCCTTTGGCACGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCCATAGCATTCAATGGTGTGTCCC‑CGATTGATTAatata                                                                                     >  2:2975188/1‑91 (MQ=255)

      ttttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatata                                                                                     <  2:1993893/91‑1 (MQ=255)

       tttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatatat                                                                                    <  2:3031499/91‑1 (MQ=255)

          aaGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTGTTTAGCTTTCAATGGTGTGTGAC‑ACATTGATTATtatatata                                                                                 <  2:1678352/91‑3 (MQ=255)

          aaGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATaaa                                                                                 <  2:1217404/91‑1 (MQ=255)

            gATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAata                                                                               >  1:3801880/1‑91 (MQ=255)

              tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg                                                                             <  2:3680431/91‑1 (MQ=255)

              tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg                                                                             <  2:270185/91‑1 (MQ=255)

                aCTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATACatattta                                                                           <  1:1026767/91‑4 (MQ=255)

                aCTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGta                                                                           >  2:1725217/1‑91 (MQ=255)

                        aaGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATg                                                                   >  1:3758823/1‑91 (MQ=255)

                         aGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGt                                                                  <  1:163023/91‑1 (MQ=255)

                          gTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGtt                                                                 >  2:2798022/1‑91 (MQ=255)

                           aagggataaatgaaacatgcatatgcatatttatatattaatcaatggtgtgtgacccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGtt                                                                 <  2:3196320‑M2/28‑1 (MQ=255)

                               ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGTATGTTTAAtt                                                            <  2:3590665/91‑1 (MQ=255)

                               ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAtt                                                            <  2:3179588/91‑1 (MQ=255)

                               ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAtt                                                            <  1:2972500/91‑1 (MQ=255)

                                cGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAttt                                                           >  2:2567959/1‑91 (MQ=255)

                                   tAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATCTCAATATGTATATGCCTGTTTAATTTAtc                                                        >  2:1234600/1‑91 (MQ=255)

                                    aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                                       >  1:2927920/1‑91 (MQ=255)

                                    aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                                       >  1:960004/1‑91 (MQ=255)

                                    aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                                       >  2:2890637/1‑91 (MQ=255)

                                    aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct                                                       >  1:705192/1‑91 (MQ=255)

                                      cGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATctct                                                     <  1:3294183/91‑1 (MQ=255)

                                       gTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCtt                                                    >  1:555410/1‑91 (MQ=255)

                                        gttGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCttt                                                   >  2:332455/2‑91 (MQ=255)

                                           gTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCta                                                <  1:3726852/91‑1 (MQ=255)

                                           gTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCta                                                <  1:2202205/91‑1 (MQ=255)

                                             tAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCtata                                              >  2:2039784/1‑91 (MQ=255)

                                                ttgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaat                                           >  1:2499307/1‑91 (MQ=255)

                                                 tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaata                                          >  2:833302/1‑91 (MQ=255)

                                                 tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaata                                          <  1:1356421/91‑1 (MQ=255)

                                                  gattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaataa                                         >  1:1771487/1‑91 (MQ=255)

                                                    ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg                                       <  1:192803/91‑1 (MQ=255)

                                                    ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg                                       <  1:191363/91‑1 (MQ=255)

                                                    ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg                                       >  1:1471103/1‑91 (MQ=255)

                                                     tgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGa                                      >  2:2262054/1‑91 (MQ=255)

                                                         tcttTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTTTATAAATAAAGACCTa                                  <  1:3661698/91‑1 (MQ=255)

                                                         tcttTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTa                                  >  1:3274892/1‑91 (MQ=255)

                                                           tttAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTAcc                                <  1:2402842/91‑1 (MQ=255)

                                                           tttAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTAcc                                <  1:444162/91‑1 (MQ=255)

                                                           tttAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATAGATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTAcc                                <  2:3907479/91‑1 (MQ=255)

                                                            ttAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCa                               <  2:736733/91‑1 (MQ=255)

                                                             tattaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAg                              <  2:577727‑M1/85‑1 (MQ=255)

                                                             tAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAg                              <  2:1237269/91‑1 (MQ=255)

                                                               ttaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCa                            <  1:3938067‑M1/87‑1 (MQ=255)

                                                                cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc                           >  1:3872484/1‑91 (MQ=255)

                                                                cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc                           >  1:3126935/1‑91 (MQ=255)

                                                                cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc                           >  2:3469880/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt                          >  2:585909/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt                          <  2:1328221/91‑1 (MQ=255)

                                                                 tttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACt                          <  2:2155421/91‑1 (MQ=255)

                                                                  ttCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTc                         <  1:1246767/91‑1 (MQ=255)

                                                                   TCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATCTGAATATGTATATGTATGTTTAAGTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCg                        >  1:3163760‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                    CAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGa                       >  2:1660188‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                    CAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGa                       <  1:2744124‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                     AATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGAc                      <  2:1863282‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                      ATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATACATAAAGACCTACCCGCCCTCGacc                     <  2:3705581‑M1/91‑2 (MQ=255)

                                                                      ATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACt                     <  1:1126578‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                       atgggtgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACt                     >  1:840130‑M2/20‑91 (MQ=255)

                                                                       atgggtgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACt                     >  2:2002087‑M2/20‑91 (MQ=255)

                                                                       TGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTg                    <  1:459172‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                       TGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTg                    <  1:3826913‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                       TGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTg                    <  2:2432304‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                        GGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGa                   <  1:2009988‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                        GGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGa                   >  1:269895‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                        GGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGa                   >  1:2171324‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                         GTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAt                  <  2:395488‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                         GTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAt                  <  1:1110496‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                         GTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAt                  <  1:648281‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                         GTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAt                  <  1:581535‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                         GTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAt                  <  2:1499823‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                         GTGTGTCAC‑CAATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAt                  <  2:350876‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                           gtgtCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTATATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAg                >  1:41795/1‑91 (MQ=255)

                                                                            tgtCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAgg               >  1:3711482/1‑91 (MQ=255)

                                                                            tgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAg                >  2:1013878‑M2/15‑91 (MQ=255)

                                                                            tgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAg                >  1:3559485‑M2/15‑91 (MQ=255)

                                                                             gtCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGc              <  2:2362365/91‑1 (MQ=255)

                                                                             gacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAgg               >  1:316030‑M2/14‑91 (MQ=255)

                                                                              tCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGcc             >  1:2835152/1‑91 (MQ=255)

                                                                              tCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGcc             >  1:304896/1‑91 (MQ=255)

                                                                              tCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGcc             >  1:349886/1‑91 (MQ=255)

                                                                              tCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGcc             <  2:1101813/91‑1 (MQ=255)

                                                                               cAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCt            >  2:229549/1‑91 (MQ=255)

                                                                                aC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCtt           <  2:1600531/91‑1 (MQ=255)

                                                                                aC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCtt           >  2:3867713/1‑91 (MQ=255)

                                                                                aC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCtt           <  1:1511231/91‑1 (MQ=255)

                                                                                aC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCtt           <  2:2772490/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 c‑ccATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCttt          <  1:2625950/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        gaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAatat    >  1:3317961‑M2/3‑91 (MQ=255)

                                                                                          ttAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCt  >  2:338851/1‑91 (MQ=255)

ATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCT  >  USA300TCH1516_ALE/2326337‑2326516

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.