| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2336425 = | 231 (1.130) | 17 (0.100) | 9/138 | NT | 8.5% | intergenic (‑145/+75) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2336465 = | 166 (0.950) | intergenic (‑185/+35) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 | |||||
TTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2336525‑2336425‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGT > USA300TCH1516_ALE/2336465‑2336554 TTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATG > 1:2066397/1‑91 TACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGT > 1:1163338/1‑91 TACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGT > 1:1372199/1‑91 TACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGT > 2:1469722/1‑91 TACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGT > 2:1469698/1‑91 CAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTT < 2:2150873/91‑1 CAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTT > 1:223721/1‑91 CAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTT > 1:1471885/1‑91 CAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTT < 2:2151432/91‑1 AAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTC > 2:1584258/1‑91 AGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCA < 2:1211360/91‑1 AGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCA > 1:2623501/1‑91 AGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCA > 1:3828633/1‑91 GCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAG > 1:897755/1‑91 GCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAG > 1:686913/1‑91 GCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAG > 1:3452716/1‑91 GCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAG > 1:3312981/1‑91 CAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGG < 1:611972/91‑1 CAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGG > 1:3648699/1‑91 CAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGG < 1:1380056/91‑1 CAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGG > 1:835950/1‑91 AGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGT < 1:1123074/91‑1 AGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGT < 1:808781/91‑1 AGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGT > 1:2475800/1‑91 GAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTT > 2:257228/1‑91 AGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA > 1:2963543/1‑91 AGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA < 1:2135225/91‑1 CCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTG > 1:3408170/1‑91 CTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGC > 2:540789/1‑91 CTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGC > 2:541055/1‑91 AAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTG > 1:2113294/1‑91 AAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTG > 2:68094/1‑91 AAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTG > 1:1571850/1‑91 AACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGa > 2:3921848/1‑90 AACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGT > 2:304930/1‑91 AACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATATAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGT > 2:1606996/1‑91 ACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTA > 2:1264877/1‑91 ACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTA > 1:1464203/1‑91 TTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAG > 1:346980/1‑91 TGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGT > 2:304639/1‑91 TGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGT < 1:1126851/91‑1 TGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGT > 1:1923134/1‑91 TGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGT > 1:2354846/1‑91 AAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAAT > 2:2911766/1‑91 GTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGG > 1:2116109/1‑91 GTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGG > 2:1472989/1‑91 GTTTCAGGTTAGTGAAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTATAAGTGCTTTAATCATCTCTGG < 2:2313363/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAACTGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 2:3095443/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA > 1:689475/1‑91 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 2:884800/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 2:869560/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 1:2130323/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 2:3162978/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 2:3096569/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 2:3094568/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA > 1:2818670/1‑91 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 1:790489/91‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGA < 1:581536/91‑1 TCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATC > 1:2378192/1‑91 TCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATC < 2:1941486/91‑1 TCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATC < 2:159376/91‑1 TCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATC < 1:3766521/91‑1 TCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATC < 2:159342/91‑1 TCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATC > 2:2317484/1‑91 CAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAACTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCA > 2:3111309/1‑91 AGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAG > 1:570712/1‑91 gtTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTTCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTTGATCAGC > 2:177868/3‑91 GGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGC > 2:3147906/1‑91 GGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGC < 2:3104598/91‑1 GGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGC < 2:3103272/91‑1 GTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCA > 2:3513861/1‑91 GTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCA > 1:221458/1‑91 GTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCA > 1:3708118/1‑91 GTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCA > 1:3707976/1‑91 GTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTAATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTAGATCAGCA > 2:3438377/1‑91 TAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATG > 2:3718060/1‑91 AGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGT < 1:3472045/91‑1 AGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGT > 1:2867766/1‑91 TTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2336525‑2336425‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGT > USA300TCH1516_ALE/2336465‑2336554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |