| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2336425 = | 231 (1.130) | 17 (0.100) | 9/138 | NT | 8.5% | intergenic (‑145/+75) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2336465 = | 166 (0.950) | intergenic (‑185/+35) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 | |||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCT > USA300TCH1516_ALE/2336335‑2336515 | tCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAAt < 2:967765/91‑1 (MQ=255)tCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAAt < 1:765130/91‑1 (MQ=255)tCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAAt > 1:795646/1‑91 (MQ=255)tCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAAt < 1:2107701/91‑1 (MQ=255)tCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAAt > 2:3726440/1‑91 (MQ=255)tCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAAt < 1:1773480/91‑1 (MQ=255) tAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATaa > 1:814239/1‑91 (MQ=255) tgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAc > 1:3708118‑M1/88‑91 (MQ=255) tgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAc > 2:3513861‑M1/88‑91 (MQ=255) gctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAcc < 2:3104598‑M1/5‑1 (MQ=255) gctgatcaagagatgattaaagcacttacaagaagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacactaaac > 2:177868‑M1/87‑89 (MQ=255) aTTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAAcc < 2:3524135/91‑1 (MQ=255) aTTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAAcc > 2:1512117/1‑91 (MQ=255) gatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGa < 1:3766521‑M1/8‑1 (MQ=255) gatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGa < 2:159342‑M1/8‑1 (MQ=255) tccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 2:3162978‑M1/10‑1 (MQ=255) tccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 2:869560‑M1/10‑1 (MQ=255) tccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 2:3094568‑M1/10‑1 (MQ=255) tccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 2:884800‑M1/10‑1 (MQ=255) tccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 1:2130323‑M1/10‑1 (MQ=255) aaCCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTACTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGaaa < 1:3346784/91‑1 (MQ=255) ccagagatgattaaagcacttataagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacatttcacTAACCTGAAAc < 2:2313363‑M1/11‑1 (MQ=255) ccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAAc > 2:1472989‑M1/81‑91 (MQ=255) aCCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAAc < 1:3104540/91‑1 (MQ=255) ccTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACa > 2:618315/1‑91 (MQ=255) ccTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACa > 1:504256/1‑91 (MQ=255) cTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACAt < 2:1168591/91‑1 (MQ=255) ttAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATa < 2:2615002/91‑1 (MQ=255) ttAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATa < 1:1340643/91‑1 (MQ=255) aGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATACTAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGa > 2:3888830/1‑91 (MQ=255) gTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGAc < 1:1208437/91‑1 (MQ=255) ttACGTTATTACATAATATAAAAATACATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACt < 2:2642965/91‑1 (MQ=255) tACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTTATTGTTATTAATAACCTGAAACATAGACtt > 2:1874422/1‑91 (MQ=255) tACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACtt > 2:1004788/1‑91 (MQ=255) aCGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACttt > 1:117231/1‑91 (MQ=255) aCGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACttt < 2:2143726/91‑1 (MQ=255) aCGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACttt < 1:458100/91‑1 (MQ=255) cGTTATTACATAATATAAAAATATATAATCACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTAAAGAGAAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTa > 2:3448008/1‑91 (MQ=255) cGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTa > 2:3895201/1‑91 (MQ=255) cGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTa > 1:2864914/1‑91 (MQ=255) tattaCATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACa < 2:465047/91‑1 (MQ=255) attaCATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACAt < 1:2684538/91‑1 (MQ=255) attaCATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACAt < 1:2971939/91‑1 (MQ=255) attaCATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACAt < 1:1584053/91‑1 (MQ=255) taCATAATATAAAAGTATGTAATAACTTATGTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATcc < 1:1503471/91‑1 (MQ=255) taCATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATcc < 1:265698/91‑1 (MQ=255) taCATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATcc < 1:2467135/91‑1 (MQ=255) acttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCa > 1:2354846‑M1/64‑91 (MQ=255) acttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCa > 1:1923134‑M1/64‑91 (MQ=255) acttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCa < 1:1126851‑M1/28‑1 (MQ=255) cATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCaa > 2:733966/1‑91 (MQ=255) taataTAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGt > 1:887480/1‑91 (MQ=255) taataTAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGt < 1:1732882/91‑1 (MQ=255) acaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGtt > 2:304930‑M1/60‑91 (MQ=255) aataTAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGtt < 2:1539152/91‑1 (MQ=255) ataAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCa < 2:2481477/91‑1 (MQ=255) ataAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCa < 2:2396055/91‑1 (MQ=255) gcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAg > 2:541055‑M1/56‑91 (MQ=255) cagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAgg > 1:3408170‑M1/55‑91 (MQ=255) aaaaTATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGt > 1:3466234/1‑91 (MQ=255) aaTATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTa < 2:1639152/91‑1 (MQ=255) atatatAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAg > 2:2957028/1‑91 (MQ=255) tatataATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgt > 1:242752/1‑91 (MQ=255) tataATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtgt < 1:42657/91‑1 (MQ=255) ataaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaatg > 1:555527/1‑91 (MQ=255) aaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaatgta > 2:1408002/1‑91 (MQ=255) ttATTTGCTTGCTCCTTTCACTTCTTAAGAGTAAAAAATAACCCGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAAt < 2:3683205/91‑1 (MQ=255) aTTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGa < 1:3594490/91‑1 (MQ=255) aTTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGa < 2:1331279/91‑1 (MQ=255) tgcttgctCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGAttt > 1:2776134/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |