| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2336425 = | 231 (1.130) | 17 (0.100) | 9/138 | NT | 8.5% | intergenic (‑145/+75) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2336465 = | 166 (0.950) | intergenic (‑185/+35) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
ATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTG > USA300TCH1516_ALE/2336375‑2336555 | tatataATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgt > 2:587481/1‑91 (MQ=255) atattATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTATAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtg > 2:2813016/1‑91 (MQ=255) atattATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtg > 2:1788711/1‑91 (MQ=255) tataATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtgt < 1:973105/91‑1 (MQ=255) tataATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtgt < 1:42315/91‑1 (MQ=255) tataATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtgt > 1:1348525/1‑91 (MQ=255) taataaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaa > 2:2099821/1‑91 (MQ=255) aataaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaat < 1:788995/91‑1 (MQ=255) aataaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaat < 2:3057546/91‑1 (MQ=255) ataaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGCTAGtgtaatg > 2:3632871/1‑91 (MQ=255) aaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaatgta > 2:2972919/1‑91 (MQ=255) aaCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaatgta > 1:2713517/1‑91 (MQ=255) aCTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgtaatgtaa > 1:1760890/1‑91 (MQ=255) ttATTTGCTTGCTCCTTTCACTTCTTAAGAGTAAAAAATAACCCGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAAt < 2:3683205/91‑1 (MQ=255) tATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATg > 1:497983/1‑91 (MQ=255) aTTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGa < 1:3594490/91‑1 (MQ=255) aTTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGa > 1:3043428/1‑91 (MQ=255) tgcttgctCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGAttt > 1:2437599/1‑91 (MQ=255) tgcttgctCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTACTGTAATGTAAATGAttt > 1:3393546/1‑91 (MQ=255) cttgctCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTAc > 2:1287633/1‑91 (MQ=255) gctCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACttt < 1:1640056/91‑1 (MQ=255) ctCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTg < 1:1845446/91‑1 (MQ=255) tttCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCTAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTtat > 2:1300535/1‑91 (MQ=255) ttCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTtata < 1:632060/91‑1 (MQ=255) ttCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTtata < 1:3250556/91‑1 (MQ=255) cACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTAtatt < 1:2539219/91‑1 (MQ=255) aCTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTAtctta > 2:2609677/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTAtatta > 2:2482835/1‑91 (MQ=255) cTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTAtattat < 2:1942237/91‑1 (MQ=255) tttttAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCAAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATg > 2:2411416/1‑91 (MQ=255) ttttAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGa < 2:1520211/91‑1 (MQ=255) ttttAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGa > 1:2333206/1‑91 (MQ=255) ttttAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGa < 1:2031191/91‑1 (MQ=255) tttAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGAt > 2:2986509/1‑91 (MQ=255) tttAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGAt < 1:3898154/91‑1 (MQ=255) aaGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGAGTaa < 2:1402541/91‑1 (MQ=255) agagTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTaaa > 1:2583323/1‑91 (MQ=255) agagTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGAAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTaaa > 2:3425731/1‑91 (MQ=255) gagTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAAc > 2:3501863/1‑91 (MQ=255) agTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACa < 1:1151902/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACAt < 2:2337937/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACAt < 2:883061/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACAt < 1:2248356/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACAt > 1:1930912/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACACCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACAt > 2:3889138/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTAGTTTGTTATATTATGATTAAACATCt > 1:3680134/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCt > 1:2807680/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTa < 2:685720/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTa < 2:1616982/91‑1 (MQ=255) aaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAAt < 2:2213608/91‑1 (MQ=255) aaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAAt < 2:2146088/91‑1 (MQ=255) aaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAAt < 2:3768660/91‑1 (MQ=255) aaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAAtt < 1:2770921/91‑1 (MQ=255) TAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATtct > 1:2963543‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATtct < 1:2135225‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTctct < 1:808781‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTctct < 1:1123074‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTctct > 1:2475800‑M1/1‑91 (MQ=255) cctgaaacttggatgttaaagtctatgtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTg > 1:3408170‑M2/38‑91 (MQ=255) CCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTg > 1:3648699‑M1/1‑91 (MQ=255) ctgaaacttggatgttaaagtctatgtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGc > 2:540789‑M2/37‑91 (MQ=255) CTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGc > 1:3452716‑M1/1‑91 (MQ=255) CTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGc > 1:686913‑M1/1‑91 (MQ=255) TGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCt > 1:3828633‑M1/1‑91 (MQ=255) aaacttggatgttaaagtctatgtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTg > 1:1571850‑M2/34‑91 (MQ=255) AAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTg < 2:2151432‑M1/91‑1 (MQ=255) acttggatgttaaagtctatgtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTa > 1:1464203‑M2/32‑91 (MQ=255) aTAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAGCATCTAATTCTCTGCTCGTAAg > 2:3197355/1‑91 (MQ=255) tAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGt > 2:968865/1‑91 (MQ=255) tAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGt < 2:900993/91‑1 (MQ=255) aGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTg > 2:1216469/1‑91 (MQ=255) gACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGc > 1:1644157/1‑91 (MQ=255) gACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGc < 2:3276186/91‑1 (MQ=255) aCTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCt < 2:2544288/91‑1 (MQ=255) aCTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCt > 2:67047/1‑91 (MQ=255) ttAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTa < 2:88161/91‑1 (MQ=255) ttAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTa < 2:2284721/91‑1 (MQ=255) aaCATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAat > 1:2572136/1‑91 (MQ=255) 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gtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTgg > 2:1472989‑M2/12‑91 (MQ=255) gtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTgg > 1:2116109‑M2/12‑91 (MQ=255) tttcaggttaGTGTAATGTAACTGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGa < 2:3095443‑M2/81‑1 (MQ=255) tttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGa < 1:581536‑M2/81‑1 (MQ=255) tcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATc < 2:159376‑M2/83‑1 (MQ=255) aggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAg > 1:570712‑M2/7‑91 (MQ=255) ggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGc > 2:3147906‑M2/6‑91 (MQ=255) ggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGc < 2:3103272‑M2/86‑1 (MQ=255) gttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCa > 2:3513861‑M2/5‑91 (MQ=255) gttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCa > 1:3707976‑M2/5‑91 (MQ=255) gttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCa > 1:221458‑M2/5‑91 (MQ=255) aGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCAtgt > 1:2867766‑M2/2‑91 (MQ=255) gtgtAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCAtgtg < 1:2068543/91‑1 (MQ=255) gtgtAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCAtgtg < 1:2391409/91‑1 (MQ=255) | ATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTG > USA300TCH1516_ALE/2336375‑2336555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |