| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2380461 = | 146 (0.720) | 20 (0.120) | 10/132 | NT | 13.3% | intergenic (+134/+53) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2380507 = | 140 (0.840) | intergenic (+180/+7) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
GTAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2380564‑2380461‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTTGATG > USA300TCH1516_ALE/2380507‑2380596 GTAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTAC > 1:505628/1‑91 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT > 1:1085099/1‑91 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT < 2:1136941/91‑1 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT > 2:2845503/1‑91 ATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |