New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2380461 = | 146 (0.720) | 20 (0.120) | 10/132 | NT | 13.3% | intergenic (+134/+53) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
? | USA300TCH1516_ALE | 2380507 = | 140 (0.840) | intergenic (+180/+7) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTTGATGA > USA300TCH1516_ALE/2380417‑2380597 | cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:555873/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata > 2:1274709/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata < 2:2132926/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata > 2:3255622/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTatat < 1:2053834/91‑1 (MQ=255) tAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatt < 1:3875466/91‑1 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:2874703/1‑91 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatct < 1:1591418/91‑1 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta > 2:900202/1‑91 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta > 2:3318284/1‑91 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 1:1632319/91‑1 (MQ=255) cGCACGGGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGGCCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 2:1555759/91‑1 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctatc > 2:2212353/1‑91 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATACtatctatc > 2:3353684/1‑91 (MQ=255) cGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGt < 1:3006032/91‑1 (MQ=255) tGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGttt > 1:523068/1‑91 (MQ=255) gAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTa < 1:1754166/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAg < 2:453792/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAg < 1:3497335/91‑1 (MQ=255) acgattcactaaacgatagataatataaaagccataaaagcggtcatgatattgactacttttatggcttttATATTATCCATCGTTTAGt > 2:539202‑M2/73‑91 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 1:254800/91‑1 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 2:3661597/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa < 2:1388346/91‑1 (MQ=255) aaGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGaa < 2:259771/91‑1 (MQ=255) aGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAAt > 2:3414628/1‑91 (MQ=255) ggTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATc > 2:1009874/1‑91 (MQ=255) gTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCGATCGTTTAGTGAATCg < 2:3237242/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 2:3736839/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt > 1:2392825/1‑91 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt > 2:3156401/1‑91 (MQ=255) cTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtt < 2:1960022/91‑1 (MQ=255) cTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAACGCTTTTATGGCTTTTTTATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtt > 2:217118/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttt > 2:1254822/1‑91 (MQ=255) aaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtttttt < 1:1679119/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttttt > 1:3896804/1‑91 (MQ=255) aTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttttt > 2:1326981/1‑91 (MQ=255) aTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttttt < 2:205938/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTta < 2:1299513/91‑1 (MQ=255) tttCAAAGTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTta < 1:1966404/91‑1 (MQ=255) ttCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaa > 2:2394980/1‑91 (MQ=255) ttCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaa > 2:3343385/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTCGTGAATCGTTTTTTtaca > 1:2659380/1‑89 (MQ=255) tCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaa > 1:151827/1‑91 (MQ=255) cAAATTTTAAAAGGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaag > 1:3030050/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaa < 2:1022502/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:789612/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTCATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:3006213/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAaga > 2:2126276/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAagag < 2:2559074/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAagag < 2:1028434/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAagag < 1:175081/91‑1 (MQ=255) AAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGaa > 1:3103671‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGaa < 1:2975549‑M1/91‑1 (MQ=255) aagccataaaagcggtcatgatattgactacttttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAAtt > 1:3670616‑M2/45‑91 (MQ=255) AAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAAtt < 2:584392‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTc > 1:2123201‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTc > 2:1746286‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTc < 1:2601150‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCa < 1:2353695‑M1/91‑1 (MQ=255) CATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCat < 1:2516664‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCata > 1:3588643‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCata > 2:3840550‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCatata < 1:3812957‑M1/91‑1 (MQ=255) aaagcggtcatgatattgactacttttatggcttttAGATTATCTACCGATTAGTGAATCGCTTTTTTAAAGTAAAAAAAACTTCatctat > 2:2624243‑M2/37‑91 (MQ=255) AGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTa > 1:1085099‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTa < 2:1136941‑M1/91‑1 (MQ=255) tagtCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTAGCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACt < 2:3459490/91‑1 (MQ=255) cggtcatgatattgactacttttatggctattATATTATCTATCGCTTAGTGAATCGTCTGTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACt > 1:1648237‑M2/33‑91 (MQ=255) ggtcatgatattgactacttttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTg > 2:2887247‑M2/32‑91 (MQ=255) ggtcatgatattgactacttttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTg > 1:3119412‑M2/32‑91 (MQ=255) gtCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTgg < 1:2764054/91‑1 (MQ=255) atatCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACa < 2:1484720/91‑1 (MQ=255) tatCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACaa < 2:3513188/91‑1 (MQ=255) tCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACt > 1:661961/1‑91 (MQ=255) cATTACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTa < 2:2525197/91‑1 (MQ=255) aTGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTAc > 2:682951/1‑91 (MQ=255) aTGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTAc > 2:275361/1‑91 (MQ=255) aTGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTAc < 2:3895022/91‑1 (MQ=255) 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ttttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGTATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTta < 2:19027‑M2/78‑1 (MQ=255) tttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTtaa < 2:2269684‑M2/79‑1 (MQ=255) tatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTtaata > 1:2713637‑M2/11‑91 (MQ=255) tggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATaaa > 1:3154041‑M2/9‑91 (MQ=255) ggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTTAAGAGAATTTCATTTTTTACTGGTTCCACTACAAGTGTTAATAAAg > 2:827763‑M2/8‑91 (MQ=255) ggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAg > 2:492557‑M2/8‑91 (MQ=255) ggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAg < 1:1292901‑M2/84‑1 (MQ=255) cttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGtt > 1:1459288‑M2/6‑91 (MQ=255) ttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTtg > 2:2968058‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttAAATTATTTATCGTTTAGGGAATGGTTTTTTTAAAGTCAGGAAAATTACATAGATTACTGGTACAACTACAGGTGTTAATAATGTtg < 2:3582738/91‑1 (MQ=255) tttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTtga < 2:3399474‑M2/88‑1 (MQ=255) ttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTtgat < 1:2201158‑M2/89‑1 (MQ=255) tATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTtgatg < 1:1010568‑M2/90‑1 (MQ=255) atatTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTtgatga > 1:1788964/1‑91 (MQ=255) | CGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTTGATGA > USA300TCH1516_ALE/2380417‑2380597 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |