| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2380461 = | 146 (0.720) | 20 (0.120) | 10/132 | NT | 13.3% | intergenic (+134/+53) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2380507 = | 140 (0.840) | intergenic (+180/+7) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAA > USA300TCH1516_ALE/2380371‑2380551 | catcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatata < 1:1133032‑M1/1‑1 (MQ=255)catcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatata < 1:1700336‑M1/1‑1 (MQ=255) ttatCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA < 2:106460‑M1/91‑1 (MQ=255) atcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatataa < 2:3727958‑M1/2‑1 (MQ=255) atcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatataa < 1:541782‑M1/2‑1 (MQ=255) atcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatataa > 1:153791‑M1/90‑91 (MQ=255) caactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatataaaa > 2:2968058‑M1/88‑91 (MQ=255) atCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:244333‑M1/91‑1 (MQ=255) atCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA > 2:2637419‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAG < 1:156986‑M1/91‑1 (MQ=255) aactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAg > 2:3796653‑M1/87‑91 (MQ=255) cGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGC > 1:2381476‑M1/1‑91 (MQ=255) actttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGc < 2:3233670‑M1/6‑1 (MQ=255) ctttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGcc > 1:289328‑M1/85‑91 (MQ=255) ctttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGcc > 2:492557‑M1/85‑91 (MQ=255) attaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATaa < 1:1473155‑M1/11‑1 (MQ=255) ttaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATaaa > 2:2737702‑M1/80‑91 (MQ=255) ttaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATaaa < 1:2512938‑M1/12‑1 (MQ=255) taactcttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactgtaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATaaaa > 1:3141196‑M1/79‑91 (MQ=255) aTGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACGTCGATTAAATCGGACGTGAAAGAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG < 1:3159327‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG > 1:3826422‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagt > 1:3884857/1‑91 (MQ=255) gTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagta < 2:3651753/91‑1 (MQ=255) ttGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCTCGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag > 2:1273475/1‑91 (MQ=255) ttGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag > 1:2151326/1‑91 (MQ=255) gggAAGGCCGGTATGGTTTTATTAACACATCGAATAGGTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag < 2:3834001/89‑1 (MQ=255) aaTGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCAATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCa < 2:2546538/91‑1 (MQ=255) tGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAat < 2:1787987/91‑1 (MQ=255) tGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAat > 1:1308416/1‑91 (MQ=255) gCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAata > 2:1227284/1‑91 (MQ=255) gCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAata < 1:3541265/91‑1 (MQ=255) cccgTATTGTTTTATTCACAAATCGATTAAATCGCACGTGAAATCAGGTCTGCAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAatat > 1:602918/4‑91 (MQ=255) cAGTGTTGTTTTATTAACACATCGACTAAATCGCACGTCAAATAAGGTCTAAAATCTCAAATCTTAAAAAGCCATAACAGTAGTCAAAATc > 2:422654/1‑91 (MQ=255) cAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATc > 1:126910/1‑91 (MQ=255) aGTATTGTTTTATTAACACATCAATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAACAGCCATAAAAGTAGTCAATATCa > 2:3024701/1‑91 (MQ=255) gTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCAt > 2:2427293/1‑91 (MQ=255) gTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCAt < 2:1358744/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAc < 2:2811139/91‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgact < 2:2280063‑M1/91‑18 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgact < 2:552283‑M1/91‑18 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAcc < 2:1627671/91‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAcc < 2:1925852/91‑1 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgacta < 1:2794992‑M1/91‑19 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaacagacgattcactaagcgatagataatatAATAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:1648237‑M1/60‑91 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:2681947‑M1/60‑91 (MQ=255) ttttATTAACACCTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGc < 1:3047158‑M2/91‑2 (MQ=255) ttttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGc < 1:1010090‑M2/91‑2 (MQ=255) gtagtagatgcgatgctctttacgttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGc > 2:3342565‑M1/59‑91 (MQ=255) tttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactact < 1:3708539‑M1/91‑21 (MQ=255) tttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGct < 1:3233670‑M2/91‑3 (MQ=255) taatatatgagattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAGAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCt > 2:1893011‑M1/58‑91 (MQ=255) aatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCtt > 2:2172486‑M1/57‑91 (MQ=255) tattaACGCATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttt > 1:1954462‑M2/1‑87 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttt < 1:3772794‑M1/91‑23 (MQ=255) atatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCttt > 2:3382137‑M1/56‑91 (MQ=255) taACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttat < 2:3585692‑M2/91‑8 (MQ=255) taACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttat > 1:1411170‑M2/1‑84 (MQ=255) taACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttat > 1:3368948‑M2/1‑84 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg > 2:2255712‑M2/1‑83 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 2:1643028‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 2:1710941‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:709835‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAA‑GTAGTCAATATCATGACCGcttttatggct < 2:257393‑M2/91‑12 (MQ=255) caTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctt < 2:3294624‑M2/91‑13 (MQ=255) caTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctt < 1:2803666‑M2/91‑13 (MQ=255) aTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggcttt < 1:3913656‑M1/91‑32 (MQ=255) tCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctttt < 2:3423989‑M2/91‑15 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata < 2:2132926/91‑1 (MQ=255) ttAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTatat < 1:2053834/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:1920043/91‑1 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc < 2:1998660/91‑1 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 1:1632319/91‑1 (MQ=255) cGCACGGGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGGCCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 2:1555759/91‑1 (MQ=255) gCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctat > 2:1479499/1‑91 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctatc > 2:2927436/1‑91 (MQ=255) tGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGttt > 1:523068/1‑91 (MQ=255) gAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTa < 1:1754166/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAg < 2:3405950/91‑1 (MQ=255) aaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGt > 2:2607424/1‑91 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 2:3661597/91‑1 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 1:254800/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa < 2:1388346/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa > 2:870135/1‑91 (MQ=255) ggTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATc > 2:1009874/1‑91 (MQ=255) gTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCACTATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCg > 2:3247744/1‑91 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt > 2:3156401/1‑91 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 1:3720414/91‑1 (MQ=255) aTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTTTCGTTTAGTGAATCGttttttt < 1:2596949/91‑1 (MQ=255) aTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttttt > 2:1326981/1‑91 (MQ=255) tttCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTta < 2:1299513/91‑1 (MQ=255) ttCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaa > 2:2394980/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaa > 1:151827/1‑91 (MQ=255) cAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaag > 1:3626370/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaa < 2:1022502/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaa < 1:2007776/91‑1 (MQ=255) tttAAAATGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:202959/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:789612/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAaga > 2:2125799/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAaga < 1:3002712/91‑1 (MQ=255) AAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGaa > 1:3103671‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAA > USA300TCH1516_ALE/2380371‑2380551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |