| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2399023 = | 212 (1.040) | 23 (0.140) | 11/134 | NT | 12.8% | intergenic (+97/+75) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2399070 = | 137 (0.800) | intergenic (+144/+28) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein | |||||
AATATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2399125‑2399023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttactgctttttTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGATAACAAAACGATTGATAGACATAACCTTGCT > USA300TCH1516_ALE/2399070‑2399159 AATATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAAC < 2:2092210/91‑1 ATATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACT > 1:470709/1‑91 ATATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACT < 2:638104/91‑1 TATTAAAAGAAGATATTGGAAATTTACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTT < 2:3678970/91‑1 TATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTT > 1:1639875/1‑91 TATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTT > 1:2886808/1‑91 ATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTA < 2:687624/91‑1 ATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTA > 1:999368/1‑91 ATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTA > 1:774348/1‑91 ATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTA > 1:1000061/1‑91 ATTAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGCTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTA > 1:1000073/1‑91 TAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACT > 1:1156548/1‑91 TAAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACT > 1:3466432/1‑91 AAATGAAGATATTGTAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGCAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTG < 1:3564946/91‑1 AAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTG > 2:2500284/1‑91 AAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTG > 2:931706/1‑91 AAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTG > 1:3028399/1‑91 AAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTG > 1:2946609/1‑91 AAAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTG > 1:1420678/1‑91 AAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGC > 1:1830167/1‑91 AAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGC < 2:1840322/91‑1 AAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGC > 1:2686750/1‑91 AAAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGC < 2:3481180/91‑1 AAGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCT > 2:1886248/1‑91 AGAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTT > 1:676279/1‑91 GAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTT > 2:3475212/1‑91 GAAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTT < 2:2080680/91‑1 AAGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTT < 1:2380964/91‑1 AGATATTGGAAATTAACGATTGATGATAGGTTTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTT > 1:2096126/1‑91 TTGTATTAGAATAAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTA > 1:3271729/1‑91 GCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTT > 1:3555437/1‑91 GCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTT > 1:1333078/1‑91 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AAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATA > 1:956259/1‑91 AAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTAACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATA > 2:2234836/1‑91 CTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTT > 1:1082565/1‑91 TGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTG > 1:2522371/1‑91 TGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTG > 1:2522768/1‑91 TGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTG > 1:3450196/1‑91 TGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTG > 1:1853963/1‑91 GGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACATATCATCAATCGTTAATCTTCAATATCTTCTTTTAATATTTGA > 2:16829/1‑91 GTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCTTTTTTTTTCTTATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTATTATTTGAT > 2:1512464/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |