New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2399023 = | 212 (1.040) | 23 (0.140) | 11/134 | NT | 12.8% | intergenic (+97/+75) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2399070 = | 137 (0.800) | intergenic (+144/+28) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGATAACAAAACGATTGATAGACATAACCTTGCTT > USA300TCH1516_ALE/2398980‑2399160 | aaaCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTa < 2:342397/91‑1 (MQ=255) aaCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAt > 2:92240/1‑91 (MQ=255) aCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCATAACAATTTAAAAGGCAGTAAGTTGACTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAtt < 1:3158203/91‑1 (MQ=255) aCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAtt > 1:799041/1‑91 (MQ=255) aCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTCCTGTCTTAtt > 2:2698779/1‑91 (MQ=255) gCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCt > 1:3212422/1‑91 (MQ=255) 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tataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTatcat > 1:561153/1‑91 (MQ=255) taagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTAtcatca < 2:1244995/91‑1 (MQ=255) agtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAAt > 1:2626071/1‑91 (MQ=255) gtaGCTCAAAATAATTTAAAAAGGAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCGTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATc < 2:3022939/91‑1 (MQ=255) gtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATc < 1:3829695/91‑1 (MQ=255) aGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGt < 2:1337499/91‑1 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt > 1:2333287/1‑91 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt > 2:1588168/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |