New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2399023 = | 212 (1.040) | 23 (0.140) | 11/134 | NT | 12.8% | intergenic (+97/+75) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2399070 = | 137 (0.800) | intergenic (+144/+28) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCT > USA300TCH1516_ALE/2398933‑2399113 | cATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTa > 1:2153682/1‑91 (MQ=255) cATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTa > 2:1171100/1‑91 (MQ=255) agcaaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataa < 2:2641885‑M1/1‑1 (MQ=255) agcaaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataa < 1:1564845‑M1/1‑1 (MQ=255) gcaaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaa > 2:2278238‑M1/90‑91 (MQ=255) gcaaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaa < 1:2310938‑M1/2‑1 (MQ=255) gcaaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaa < 2:1041514‑M1/2‑1 (MQ=255) ttATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTaaa > 2:1591347/1‑91 (MQ=255) ttATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTaaa < 2:3306980/91‑1 (MQ=255) aaggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaaaa > 1:529523‑M1/88‑91 (MQ=255) ataGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTaaaaa < 2:2192687/91‑1 (MQ=255) aggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaaaaa < 1:657701‑M1/5‑1 (MQ=255) aggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataaaaaa < 2:2423194‑M1/5‑1 (MQ=255) taGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAg < 1:1445230/91‑1 (MQ=255) ggttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAg > 2:3758318‑M1/86‑91 (MQ=255) tttatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGc > 1:756680‑M1/85‑91 (MQ=255) gttatgtctatccatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGc < 1:3054534‑M1/7‑1 (MQ=255) aGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGc > 1:909592/1‑91 (MQ=255) gtgtgtCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCa < 2:518040/91‑1 (MQ=255) tatgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaagaAAAAAGCAg < 2:1191588‑M1/9‑1 (MQ=255) atgtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGt < 2:477700‑M1/10‑1 (MQ=255) tgtCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATTAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTa > 2:874643/1‑91 (MQ=255) tgtCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTa > 2:2362394/1‑91 (MQ=255) tgtCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTa > 2:1417108/1‑91 (MQ=255) tgtCATAATGAACGATATTCCACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATCTTTATAAGTCTAAGTAGCTCAACACAATTTACAAAGCCGTa > 2:2362018/1‑91 (MQ=255) ggtctatcaatcgttttgttagcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTa > 2:424259‑M1/81‑91 (MQ=255) gtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTaa < 1:1614199‑M1/12‑1 (MQ=255) gtctatcaatcgttttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTaa < 2:1642168‑M1/12‑1 (MQ=255) cATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGt < 2:3041498/91‑1 (MQ=255) aTAACGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGtt < 1:3290015/91‑1 (MQ=255) tGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGAtt > 2:2456449/1‑91 (MQ=255) gAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGAttt > 2:2077136/1‑91 (MQ=255) aaCGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTc > 1:1641350/1‑91 (MQ=255) aCGATATTCTACATGAATCAACAAGTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATTAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCt < 2:3662894/91‑1 (MQ=255) cGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTa > 1:1862811/1‑91 (MQ=255) gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc < 1:1878798/91‑1 (MQ=255) atatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACt < 1:147103/91‑1 (MQ=255) ttgttatcaaatattaaaagaagatattggaaactaacgattgatgataggtttgtattcgaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTc > 1:3510815‑M1/66‑91 (MQ=255) atTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCg < 2:3215664/91‑1 (MQ=255) atTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCg < 2:1572276/91‑1 (MQ=255) atTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCg > 1:2452355/1‑91 (MQ=255) tCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGaa < 2:186190/91‑1 (MQ=255) cTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGaaa < 1:2364251/91‑1 (MQ=255) cTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGaaa > 2:2664427/1‑91 (MQ=255) tcaaatattaaaagaagatattgaagattaacgattgatgatatgtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc > 2:16829‑M1/60‑91 (MQ=255) aCATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc > 1:3771636/1‑91 (MQ=255) aCATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc < 1:3251773/91‑1 (MQ=255) aaatattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAg > 1:1082565‑M1/58‑91 (MQ=255) aTGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAg < 2:3714848/91‑1 (MQ=255) aTGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAg < 2:3715373/91‑1 (MQ=255) gAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCt < 2:3608559/91‑1 (MQ=255) gAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCt < 2:623536/91‑1 (MQ=255) tattaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCtt > 1:956259‑M1/55‑91 (MQ=255) aaTCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCtt < 1:2259470/91‑1 (MQ=255) aaTCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCtt < 2:2335339/91‑1 (MQ=255) atttaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:3843571‑M1/54‑91 (MQ=255) attaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:1786658‑M1/54‑91 (MQ=255) attaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:3636911‑M1/54‑91 (MQ=255) attaaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTa > 1:2567028‑M1/54‑91 (MQ=255) tCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTAc < 1:372468/91‑1 (MQ=255) caacaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACt > 2:2894448/1‑91 (MQ=255) aaaagaagatattggaaattaacgattgatgataggtttgtattagaataAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTg > 2:1249564‑M1/51‑91 (MQ=255) acaaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAACGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGc < 1:3340543/91‑1 (MQ=255) caaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCt < 2:2712181/91‑1 (MQ=255) caaTTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCt < 1:1285015/91‑1 (MQ=17) tttAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttt > 1:3913839/1‑91 (MQ=255) tatAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCtttt < 1:3268112/89‑1 (MQ=255) ttAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGGTTTCGAGTAGAAATCAACTTACTGCttttt < 1:2519079/91‑1 (MQ=18) ttAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCttttt < 2:1116167/91‑1 (MQ=255) aaCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTCAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAt > 2:72521/1‑91 (MQ=255) aCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCATAACAATTTAAAAGGCAGTAAGTTGACTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAtt < 1:3158203/91‑1 (MQ=255) aCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAtt > 1:799041/1‑91 (MQ=255) aCGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTAtt > 1:2323239/1‑91 (MQ=255) gCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCt < 1:815195/91‑1 (MQ=255) gCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCt < 1:3857288/91‑1 (MQ=255) gCACTATTTTTATAAATATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCt > 1:3371755/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAAt > 1:1204226/1‑91 (MQ=255) ttttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACaa > 2:126019/1‑91 (MQ=255) tttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACaaa > 1:1377563/1‑91 (MQ=255) tttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATCCTAATACaaa > 2:596148/1‑91 (MQ=255) ttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAAc > 1:3505510/1‑91 (MQ=255) ttATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAAc > 2:2843693/1‑91 (MQ=255) agtataagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTatc > 2:2585984/1‑91 (MQ=255) taagtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTATTACTAACCTAtcatca > 2:2972270/1‑91 (MQ=255) gtaGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATc < 2:3406919/91‑1 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt < 1:3585497/91‑1 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt > 2:1588000/1‑91 (MQ=255) gCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGtt > 1:213421/1‑91 (MQ=255) cAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAAt < 2:3827839/91‑1 (MQ=255) aaaaCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAAtt > 2:1460977/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAAtt < 1:485758/91‑1 (MQ=255) aaCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTc < 2:3129675/91‑1 (MQ=255) aaCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTc > 2:2880348/1‑91 (MQ=255) aCAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTGAATTTcc > 2:3520245/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAat < 1:289208/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAat < 1:2056176/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAata > 1:2731536/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAatat < 2:1530219/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtc > 2:2140576/1‑91 (MQ=255) AAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATAtct > 1:2096126‑M1/1‑91 (MQ=255) | CATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCT > USA300TCH1516_ALE/2398933‑2399113 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |