| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421927 | 160 (0.790) | 31 (0.170) | 17/146 | NT | 17.3% | intergenic (+43/+49) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421954 | 151 (0.810) | intergenic (+70/+22) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2421831‑2421927‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacccccGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATGGGGGTTCTTGTTTTTATAATGTTATTATAATAAATTCAATTATTAGTTAACGACAAATTGTG < USA300TCH1516_ALE/2421954‑2421865 AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGA > 1:1230026/1‑91AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGA > 2:1099885/1‑91AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGA < 1:1455336/91‑1AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGA > 2:1100409/1‑91AATGCTGCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTAATTATAATAACATTATAAAAACAAGA < 2:2241809/91‑1 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AACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACAT < 2:1458523/91‑1 AACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACAT < 2:1744353/91‑1 CACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATG < 1:3667834/91‑1 ACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATGG < 1:3253926/91‑1 CAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATGGG < 2:3914359/91‑1 TTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTGATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATGGGGGT < 1:1286628/91‑1 TTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGGGAGCTCAACATATGGGGGTT < 1:3728753/91‑1 TGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATGGGGGTTC < 1:754664/91‑1 GTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCGTATGTTGAAACGAGAGCTCAACATATGGGGGTTCTTGT < 2:3825932/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |