| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421927 | 160 (0.790) | 31 (0.170) | 17/146 | NT | 17.3% | intergenic (+43/+49) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421954 | 151 (0.810) | intergenic (+70/+22) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGTTTGTCCAGCTGCTAATGCATTTGGCATCATTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/2421864‑2422044 | ccACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAc > 1:1808175/1‑91 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATGTGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg < 1:3686334‑M2/91‑2 (MQ=255) acaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgg < 1:2863970‑M2/91‑3 (MQ=255) acaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgg > 2:2969667‑M2/1‑89 (MQ=255) acaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgg < 2:2548031‑M2/91‑3 (MQ=255) acaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgg > 1:991230‑M2/1‑89 (MQ=255) 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ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:1070991/91‑1 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:688286/91‑1 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:3117894/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGta > 2:3077763/1‑91 (MQ=255) atTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgggggttcttgtttttataatgt < 1:3311013‑M2/91‑24 (MQ=255) ttGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGtatta > 1:127903/1‑91 (MQ=255) tGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGtattct > 2:1186468/1‑89 (MQ=255) tGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGtattat < 1:2153489/91‑1 (MQ=255) tGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGtattat < 2:326715/91‑1 (MQ=255) gAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGTattatt < 1:3097437/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGGTGAGCTCTCGTTTCAACATAA‑GGGGGTTTTGATATTGTTGTATTAttt < 2:3453069/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAtttt < 1:3475466/91‑1 (MQ=255) tattatAATAACATTATAAAAACAAGAGCCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTtttct < 2:417439/91‑1 (MQ=255) tattatAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgggggttcttgtttttataatgttattataa < 1:3902367‑M2/91‑32 (MQ=255) tattatAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTtttct < 2:3527807/91‑1 (MQ=255) attatAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAC‑GGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTcttctt > 2:3208550/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |