| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421927 | 160 (0.790) | 31 (0.170) | 17/146 | NT | 17.3% | intergenic (+43/+49) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421954 | 151 (0.810) | intergenic (+70/+22) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGTTTGTCCAGC > USA300TCH1516_ALE/2421837‑2422017 | gcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC > 1:3350887‑M1/1‑91 (MQ=255)gcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC > 2:1354069‑M1/1‑91 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa > 2:3530180/1‑91 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa < 1:2776226/91‑1 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa < 2:1902618/91‑1 (MQ=255) aaTTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCat < 1:1812280/91‑1 (MQ=255) aTTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCata > 2:3419766/1‑91 (MQ=255) aTTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCata > 2:2162325/1‑91 (MQ=255) tAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGCATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATg > 2:156022/1‑91 (MQ=255) aGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGt > 1:499706/1‑91 (MQ=255) gCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGa < 2:1438660/91‑1 (MQ=255) ccGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAg > 1:3593357/1‑91 (MQ=255) ccGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAg < 1:2216625/91‑1 (MQ=255) ccGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAg < 1:3050533/91‑1 (MQ=255) 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gagaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCa > 1:3515327/1‑91 (MQ=255) agaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCaa < 1:3073516/91‑1 (MQ=255) agaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCaa > 2:2097590/1‑91 (MQ=255) agaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCaa < 2:1230026/91‑1 (MQ=255) agaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAA‑TTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaac < 2:2235024‑M1/91‑24 (MQ=255) agaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAACTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaa < 1:3170733‑M1/91‑23 (MQ=255) gaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCatatgttgaaacgagagctcaac < 1:953878‑M1/91‑24 (MQ=255) aaCCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacat < 2:1458512‑M1/91‑26 (MQ=255) 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ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATtgttgt < 2:1845456/91‑1 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:688286/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGta > 2:3077763/1‑91 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGta > 2:2470128/1‑91 (MQ=255) aatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACACGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtat > 1:1090752/1‑91 (MQ=255) aatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtat > 1:908614/1‑91 (MQ=255) ttGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtatta > 1:127903/1‑91 (MQ=255) tGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtattat < 1:2153489/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |