| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2434868 = | 183 (0.900) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.4% | intergenic (+136/+251) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2434919 = | 162 (0.910) | intergenic (+187/+200) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
CGTTAGTTTTTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2434967‑2434868‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTCGA > USA300TCH1516_ALE/2434919‑2435008 CGTTAGTTTTTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT < 1:2945396/91‑1CGTTAGTTTTTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT < 1:260673/91‑1CGTTAGTTTTTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT > 1:3827340/1‑91CGTTAGTTTTTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT > 1:78573/1‑91CGTTAGTTTTTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT > 1:79675/1‑91 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TTACTGTGGGCTTTAAAATAAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTT < 2:3081074/91‑1 AAAAAATAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCAGTTAATCAACTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTT > 2:24878/1‑91 TAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGT‑‑TTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTA > 2:659760/1‑91 TAGCATTATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGT‑‑TTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTA > 2:186407/1‑91 AAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACA > 1:2867287/1‑91 ATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGT > 1:2394106/1‑91 TAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTA > 1:465776/1‑91 ACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAA > 1:2038962/1‑91 ACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAA > 1:2038857/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2434967‑2434868‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTCGA > USA300TCH1516_ALE/2434919‑2435008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |