| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2434868 = | 183 (0.900) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.4% | intergenic (+136/+251) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2434919 = | 162 (0.910) | intergenic (+187/+200) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAA > USA300TCH1516_ALE/2434778‑2434958 | tcatTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:1790197‑M1/1‑91 (MQ=255) tcatTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:264909‑M1/1‑91 (MQ=255) tcgaagttgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaata < 2:3109335‑M1/1‑1 (MQ=255) cgaagttgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaataa < 1:2332810‑M1/2‑1 (MQ=255) ttttCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAA < 2:371766‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATTACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAAC > 1:1817605‑M1/1‑91 (MQ=255) agttgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACaa < 2:2875000‑M1/5‑1 (MQ=255) tCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG > 1:2875369‑M1/1‑91 (MQ=255) gttgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACaaa < 1:1740944‑M1/6‑1 (MQ=255) gttgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACaaa > 2:2347549‑M1/86‑91 (MQ=255) ttgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAAc > 1:2715864‑M1/85‑91 (MQ=255) cAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGC > 2:783835‑M1/1‑91 (MQ=255) cAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGC > 1:3372001‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACg < 1:3889924‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA < 1:2113765‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAg < 1:577497/91‑1 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAg < 2:1585489/91‑1 (MQ=255) aGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATCCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGt > 2:3080450/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGtt > 1:927861/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGtt > 1:742857/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGtt < 2:381491/91‑1 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGtt > 1:482026/1‑91 (MQ=255) cTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTg < 2:1026412/91‑1 (MQ=255) ttACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGa < 2:1539183/91‑1 (MQ=255) tACATGTCGTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTTATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGAt < 2:251668/91‑1 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGAtt > 2:2111542/1‑91 (MQ=255) cATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGTTTa > 1:182725/1‑91 (MQ=255) aTGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTaa > 2:2176992/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAAc < 2:2968562/91‑1 (MQ=255) tGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAAc < 1:1449299/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACgg > 1:3241324/1‑91 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACgg < 1:80022/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACgg < 2:410409/91‑1 (MQ=255) cTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGa > 2:3577339/1‑91 (MQ=255) cTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGa < 2:144123/91‑1 (MQ=255) ttttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGat > 2:1962410/1‑91 (MQ=255) ttttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGat > 1:1721746/1‑91 (MQ=255) ttttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATCATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGat < 1:3509618/91‑1 (MQ=255) ttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGattc > 2:1634252/1‑91 (MQ=255) tCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGattcatt > 1:2754084/1‑91 (MQ=255) cTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGattcattc < 2:3474588/91‑1 (MQ=255) tataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCata > 2:570663/1‑91 (MQ=255) aaCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat < 1:2059390/91‑1 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa > 2:637366/1‑91 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa < 2:1208018/91‑1 (MQ=255) atcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCaa > 1:649635‑M1/52‑91 (MQ=255) aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt < 2:1886765‑M2/91‑2 (MQ=255) cGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAaatgatatatggaatgaatccgttaatcaactg < 2:3176500‑M1/91‑34 (MQ=255) gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgc < 2:1385688‑M1/91‑35 (MQ=255) gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgc < 2:1761483‑M1/91‑35 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt < 2:2464128‑M2/91‑6 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt > 2:3239060‑M2/1‑86 (MQ=255) tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt < 1:2983879‑M2/91‑7 (MQ=255) atGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgttt < 1:956460‑M2/91‑8 (MQ=255) 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ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAgttgattaatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgttt < 1:2947093‑M1/91‑43 (MQ=255) tttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAATAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaat < 1:708663‑M1/91‑48 (MQ=255) tttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaat > 1:1077744/1‑91 (MQ=255) tgtGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACACGCGCAGTTGATTAACGGTTTCATTCCATAGATCACTTGCGTTGGTTATTTtaag < 2:3413746/89‑2 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:860299/1‑91 (MQ=255) tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa > 2:868386/1‑91 (MQ=255) gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat > 1:2009538/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg > 1:1520743/1‑91 (MQ=255) 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tatTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgttattttaatataagaaattgaatggccttatcaa < 1:316804‑M2/91‑44 (MQ=255) ttAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTTACGGATTCATTCCATATATCAATTGTGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac > 2:3792582/1‑91 (MQ=255) ttAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac > 2:2409910/1‑91 (MQ=255) ttAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac > 1:1025096/1‑91 (MQ=255) aa‑‑aaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgttattttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcat < 1:2092842‑M2/91‑49 (MQ=255) a‑‑aacaaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTa > 1:2861220/1‑91 (MQ=255) | ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAA > USA300TCH1516_ALE/2434778‑2434958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |