BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	2434868 =	183 (0.900)	11 (0.060)	8/140	NT	6.4%	intergenic (+136/+251)	ybbH_3/yifK	putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK
*	?	USA300TCH1516_ALE	2434919 =	162 (0.910)	11 (0.060)	8/140	NT	6.4%	intergenic (+187/+200)	ybbH_3/yifK	putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK

Only 100 of 276 total aligned reads displayed.

CCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTCGAT  >  USA300TCH1516_ALE/2434829‑2435009

ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGCTTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa                                                                                            >  2:1407533/1‑91 (MQ=255)

 cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt                                                                                           >  1:172533/1‑91 (MQ=255)

 cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt                                                                                           <  2:3067041/91‑1 (MQ=255)

   aataTTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAttt                                                                                         >  1:150150/4‑91 (MQ=255)

       tttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCAATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaat                                                                                     <  1:1714568/91‑1 (MQ=255)

       tgtGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACACGCGCAGTTGATTAACGGTTTCATTCCATAGATCACTTGCGTTGGTTATTTtaag                                                                                     <  2:3413746/89‑2 (MQ=255)

        ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata                                                                                    >  1:2826521/1‑91 (MQ=255)

        ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata                                                                                    >  1:1839710/1‑91 (MQ=255)

         tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa                                                                                   >  2:868386/1‑91 (MQ=255)

           aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg                                                                                 >  1:2699612/1‑91 (MQ=255)

             taaaataaaaaatagcattattaaaa‑ACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa                                                                              >  2:659760‑M1/27‑91 (MQ=255)

             taaaataaaaaatagcattattaaaa‑ACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa                                                                              >  2:186407‑M1/27‑91 (MQ=255)

             aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt                                                                               <  1:3323261/91‑1 (MQ=255)

               ggCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAt                                                                             >  1:2146816/1‑91 (MQ=255)

               ggCCATTCAATCTCTTATATTAAAACCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCCATTGAGTTTGTGATTTTAATCATGCTAt                                                                             >  2:3741535/1‑91 (MQ=255)

                gCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtt                                                                            >  2:3845796/1‑91 (MQ=255)

                 ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt                                                                           >  2:182516/1‑91 (MQ=255)

                   aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt                                                                         >  1:2498320/1‑91 (MQ=255)

                    ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt                                                                        >  1:2338624/1‑91 (MQ=255)

                    aaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACTGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt                                                                        >  2:24878‑M1/20‑91 (MQ=255)

                     tCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTtttta                                                                       <  2:2740950/91‑1 (MQ=255)

                     tCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTtttta                                                                       >  2:2981622/1‑91 (MQ=255)

                      cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat                                                                      <  1:97459/91‑1 (MQ=255)

                      cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat                                                                      >  2:1961396/1‑91 (MQ=255)

                      cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCAATTttttat                                                                      >  1:3791799/1‑91 (MQ=255)

                        aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                                    >  1:819282/1‑91 (MQ=255)

                        aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                                    >  1:3315055/1‑91 (MQ=255)

                        aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                                    <  1:1128915/91‑1 (MQ=255)

                        aTTACTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                                    <  1:3066474/91‑1 (MQ=255)

                         tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt                                                                   >  1:360684/1‑91 (MQ=255)

                         tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt                                                                   >  1:360302/1‑91 (MQ=255)

                         tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt                                                                   <  1:2349477/91‑1 (MQ=255)

                          ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta                                                                  >  1:1460868/1‑91 (MQ=255)

                           tCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaa                                                                 >  2:2587036/1‑91 (MQ=255)

                            cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa                                                                >  2:1122987/1‑91 (MQ=255)

                            cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa                                                                <  2:342585/91‑1 (MQ=255)

                            cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa                                                                >  1:1004620/1‑91 (MQ=255)

                            cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa                                                                >  1:1852360/1‑91 (MQ=255)

                              tataTTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGc                                                              >  1:3695749/1‑91 (MQ=255)

                                 atTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCca                                                           <  2:1027050/91‑1 (MQ=255)

                                  ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac                                                          >  2:2409910/1‑91 (MQ=255)

                                   aaataacaaacgcaattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcaca                                                         >  1:2867287‑M2/56‑91 (MQ=255)

                                     ataacaaacgcaattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt                                                       >  1:2394106‑M2/54‑91 (MQ=255)

                                     aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt                                                       <  2:309299/91‑1 (MQ=255)

                                      taacaaacgcaattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTa                                                      >  1:465776‑M2/53‑91 (MQ=255)

                                        acaaacgcaattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaa                                                    >  1:2038962‑M2/51‑91 (MQ=255)

                                        ACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATACTGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaa                                                    <  2:1239233‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                          AAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaaaa                                                  <  2:2509373‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                           AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc                                                 <  2:2264392‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                           AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc                                                 <  1:1761521‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                           AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc                                                 <  1:3878643‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                           AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGCTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc                                                 <  2:2079368‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                            ACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACt                                                >  2:1734853‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                            ACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACt                                                <  1:578946‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                              GCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTaa                                              >  2:2604175‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                               CAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc                                             <  2:3141242‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                               CAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc                                             >  1:1270035‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                AGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg                                            <  1:2945396‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                 gTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGa                                           >  1:3520234/1‑91 (MQ=255)

                                                   tGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGata                                         >  2:2132849/1‑91 (MQ=255)

                                                    gATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGataa                                        <  1:722102/91‑1 (MQ=255)

                                                     aTTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGataat                                       <  1:3822547/91‑1 (MQ=255)

                                                     aTTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGataat                                       >  2:2337012/1‑91 (MQ=255)

                                                       tAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATACTGCTATTTTTTATCTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGACAatat                                     >  2:3198017/1‑91 (MQ=255)

                                                       tAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAatat                                     <  2:835045/91‑1 (MQ=255)

                                                        aaCGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATAtt                                    <  2:2101349/91‑1 (MQ=255)

                                                        aaCGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATAtt                                    <  2:1654768/91‑1 (MQ=255)

                                                         aCGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTg                                   >  1:673032/1‑91 (MQ=255)

                                                          cGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGc                                  <  2:1743650/91‑1 (MQ=255)

                                                             attcattcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCAc                               >  1:1215308/1‑91 (MQ=255)

                                                              ttcattcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACt                              >  2:1984731/1‑91 (MQ=255)

                                                               tcattcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACtt                             >  1:1941266/1‑91 (MQ=255)

                                                                cattcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTta                            <  2:2655859/91‑1 (MQ=255)

                                                                 attcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtat                           <  1:2750289/91‑1 (MQ=255)

                                                                 attcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtat                           >  1:465513/1‑91 (MQ=255)

                                                                  ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata                          >  1:2076174/1‑91 (MQ=255)

                                                                  ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata                          >  2:2890298/1‑91 (MQ=255)

                                                                  ctcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGTTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata                          <  2:3913027/90‑1 (MQ=255)

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                                                                   tcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATaa                         >  2:3711039/1‑91 (MQ=255)

                                                                   tcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATaa                         <  1:2978792/91‑1 (MQ=255)

                                                                     cATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGt                       >  1:2552188/1‑91 (MQ=255)

                                                                      atatatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGtt                      >  1:1000219/1‑91 (MQ=255)

                                                                      atatatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGtt                      >  1:999842/1‑91 (MQ=255)

                                                                        atatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGtttt                    <  2:2840964/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAGAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGttttt                   <  1:3133368/91‑1 (MQ=255)

                                                                            cAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcac                >  1:2000174/1‑91 (MQ=255)

                                                                            cAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcac                <  1:3742848/91‑1 (MQ=255)

                                                                             aaTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcaca               <  1:2643191/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCacac              <  1:108465/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCacac              >  2:514590/1‑91 (MQ=255)

                                                                               ttGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACt             <  2:1052703/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  cgtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACa          <  2:760937‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                   gtttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACaa         <  2:3565023‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                    tttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAAc        <  1:1741022‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                     ttgttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACt       <  1:79618‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                       gttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTc     <  2:1301871‑M2/88‑1 (MQ=255)

                                                                                        ttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTtca    >  2:3379107‑M2/3‑90 (MQ=255)

                                                                                        ttATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTCg    <  1:2332511‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                          aTTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTCGAt  <  1:3436237/91‑1 (MQ=255)

CCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACTACAACTTCGAT  >  USA300TCH1516_ALE/2434829‑2435009

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.