| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434877 | 172 (0.840) | 14 (0.080) | 8/140 | NT | 8.2% | intergenic (+145/+242) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434908 | 162 (0.910) | intergenic (+176/+211) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2434778‑2434877‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaacgcaATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCGT < USA300TCH1516_ALE/2434908‑2434819 ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATCACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑A < 1:3420601/91‑1 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:1132712/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 1:170929/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:1790197/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:2011244/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:264909/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA < 1:2280182/91‑1 CATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AAC > 1:760937/1‑91 ATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACA > 1:891385/1‑91 ATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACA < 2:1770292/91‑1 TTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAA < 2:2883148/91‑1 TTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAA < 2:371766/91‑1 TTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAA > 2:2429586/1‑91 TTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATTACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAAC > 1:1817605/1‑91 TTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAAC < 1:3178/91‑1 TCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG > 1:732649/1‑91 TCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG > 2:1326378/1‑91 TCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG > 1:3832496/1‑91 TCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG > 1:2875369/1‑91 TCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTCCTTATATTAAA‑‑AACAAACG > 1:2875214/1‑91 CAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGC > 1:3372001/1‑91 CAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGC > 2:783835/1‑91 CAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGC > 1:1654768/1‑91 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA > 2:2357353/1‑91 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA < 1:2113797/91‑1 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA < 1:2113765/91‑1 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA > 2:3213821/1‑91 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTCGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA > 1:294172/1‑91 ACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT < 1:2786792/91‑1 ACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACT < 2:926148/91‑1 CGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAAATGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTG < 2:3176500/91‑1 GCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGC < 2:1385688/91‑1 GCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGC < 2:1761483/91‑1 CATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCG < 1:1055024/91‑1 TATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGTTATATGGAATGAATCCGTTGATCAACTGCGTT < 2:3811190/91‑1 GACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGT < 1:2543458/91‑1 ACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTT < 2:643496/91‑1 CCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGT < 2:1665135/91‑1 CCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAGTTGATTAATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTT < 1:2947093/91‑1 ATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTT < 1:2092842/91‑1 TTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAAT < 1:708663/91‑1 TTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATA < 1:316804/91‑1 tgACAAACTCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATATGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGG < 2:3440137/89‑1 AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGT > 2:128795/1‑91 AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGT < 1:2311071/91‑1 AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGT > 1:823556/1‑91 AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGT < 1:3211095/91‑1 ACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTC < 2:219729/91‑1 ACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTC > 1:381921/1‑91 ACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTC < 2:218255/91‑1 ACAAACGCAATTGAAATATGGAATGAACCCGTTAATAAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTC > 2:1043130/1‑91 ACAAACGAAATTGAAATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTC > 2:1164638/1‑91 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA > 2:1454461/1‑91 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA > 2:2803531/1‑91 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA < 1:903805/91‑1 AAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCAT < 1:956460/91‑1 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGACTGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:3670568/1‑91 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA < 1:2983879/91‑1 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA < 1:3841607/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 2:2464128/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 1:2727629/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT > 2:3239060/1‑91 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 2:3752216/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 1:632693/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT > 2:1135064/1‑91 CGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATG > 1:1046764/1‑91 GCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGC > 2:1612081/1‑91 GCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGC > 2:1390911/1‑91 GCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGC < 1:982570/91‑1 CAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCG < 1:2123639/91‑1 AATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCGT < 2:1886765/91‑1 ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2434778‑2434877‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaacgcaATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCGT < USA300TCH1516_ALE/2434908‑2434819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |